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[新手求助] 用Gaussian View怎么构建复杂分子以及高斯运算报错问题

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我是量化计算的小白,有如下这些问题想请教老师们:1.想用Gaussian计算,但是构建分子上存在难题。想问下GaussianView能构建复杂的分子吗?今天试了一下GV,但实在是感觉不太好用。或者老师们有没有推荐的构建分子的软件呢?现在高斯输入文件的分子结构部分不能很好构建的话,感觉后面很难进行。
2.想请问一下运行高斯案例里面的文件时,高斯出现如下错误是为什么?(已检查out文件,文件大概在说明计算方法后就突然结束,显示的内容和正常输出文件没有差别)

20220304104909.png (16.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2022-3-4 11:28:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-3-4 11:31 编辑

GaussView可以构建不少复杂分子,自带模板和功能已经挺强大了。如果你不熟悉GV的使用,且分子比较大的话,可以参考《借助ChemDraw和Chem3D构建大分子模型》。

至于你的报错,Windows下所有Gaussian报错在屏幕上都会显示2070,这是没有意义的报错信息,所以你贴这个,别人也是帮不了你的。还是要看输出文件末尾有啥信息。如果你看不出、或末尾实在没有报错信息,那就换到Linux系统下算,减少奇怪的报错。丝毫不用担心自己不会安装Linux系统,Win10自带WSL(Ubuntu子系统),网上安装教程有一箩筐,装完以后在里面安装Linux g16,再提交计算任务。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-3-4 12:26:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2022-3-4 12:27 编辑

关于你的第一个问题,我比较喜欢在chem3D里画结构(也可以在chemdraw里画好然后粘到chem3D,但粘的时候手性等信息可能出错,需要检查一下),然后保存为gjf格式。

第二个问题请看:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... id=57&fromuid=19420
Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =4829&fromuid=19420



现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 14:40:54 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-3-4 12:26
关于你的第一个问题,我比较喜欢在chem3D里画结构(也可以在chemdraw里画好然后粘到chem3D,但粘的时候手性 ...

好的,谢谢您。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 14:42:56 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-3-4 11:28
GaussView可以构建不少复杂分子,自带模板和功能已经挺强大了。如果你不熟悉GV的使用,且分子比较大的话, ...

好的,明白。谢谢你

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发表于 Post on 2022-3-4 18:22:11 | 只看该作者 Only view this author
1 那叫GaussView
不好用是因为你不会用
GaussView是构建分子模型最好用的工具(除非体系带有大量并环,或者有特别长的链,此时适合chemdraw+chem3D产生初始结构),没有之一
你要是参加过一次北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html),照着演示好好练练自然就会明白这点
其它程序诸如Chem3D、M$、Avogadro、Gabedit等等在建模方面都比这差远了

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 18:54:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-4 18:22
1 那叫GaussView
不好用是因为你不会用
GaussView是构建分子模型最好用的工具(除非体系带有大量并环,或 ...

明白,谢谢老师啦,我会继续学习的。

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