求助：如何让Gromacs结合Mopac实现QM/MM MD模拟

yjb · 发表于 Post on 2022-3-5 11:30:03

各位老师好，
现在的课题是基于QM/MM方法，结合MD做分子动力学模拟，研究酶的反应机理。

为什么使用gromacs+Mopac？
1. MM程序之所以选择gromacs是因为需要使用gromacs分组控温的功能。（amber的QM/MM接口很完善但是满足不了我现在的需求）
2. 之前有接过CP2K和Gaussian，但是由于研究的蛋白体系过大，使用DFT等方法计算速度太慢（QM部分36核计算，MM单核）

看了gromacs qm/mm的代码，发现gromacs qm/mm的结构支持半经验的方法只有Mopac。

但是如何实现gromacs+Mopac 跑QM/MM MD模拟无法实现。网上也没有找到接Mopacs的方法。

希望老师们能够提供一些方法教程和思路！！！

万分感谢！！

sylar · 发表于 Post on 2022-3-5 15:00:00

Amber可以用orca接口调用XTB跑，效果可能比半经验好点，但没用过gromacs，不知道行不行

yjb · 发表于 Post on 2022-3-5 17:30:50

sylar 发表于 2022-3-5 15:00
Amber可以用orca接口调用XTB跑，效果可能比半经验好点，但没用过gromacs，不知道行不行

我必须用gromacs来实现分组控温，amber并不支持！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-5 21:48:16

十几年前网上有个gmx 3.3+MOPAC7实现QM/MM的文档，不过现在来看已经很过时了，而且这文档里有些地方说的不对，当年我也没鼓捣成功

compiling_QMMM.pdf (20.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

NAMD是否支持分组控温我不清楚，支持的话也可以考虑NAMD+xtb，本论坛上有人写了接口

tjuptz · 发表于 Post on 2022-3-5 21:58:48

sobereva 发表于 2022-3-5 21:48
十几年前网上有个gmx 3.3+MOPAC7实现QM/MM的文档，不过现在来看已经很过时了，而且这文档里有些地方说的不 ...

NAMD不能分组控温，可惜

霜晨月 · 发表于 Post on 2022-3-5 22:16:07

研究酶催化反应机理，为啥要分组控温？难道酶和底物的温度还不一样？

霜晨月 · 发表于 Post on 2022-3-5 22:21:20

能接Gaussian的话，试试PM6D3或PM7

yjb · 发表于 Post on 2022-3-6 20:45:13

霜晨月发表于 2022-3-5 22:21
能接Gaussian的话，试试PM6D3或PM7

额 GROMACS不支持半经验的方法

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