请问初始水分子结构文件不同会影响模拟结果吗？

Wenchuan · 发表于 Post on 2022-3-5 18:33:12

本帖最后由 Wenchuan 于 2022-3-5 18:54 编辑

请问附件中的两个不同的水的pdb结构文件应该用哪个？两者用在GROMACS模拟过程中会出现差别很大的结果吗？

water.pdb (255 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 33)

water.pdb (349 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 31)
有这个问题是因为我发现在建立压力1MPa的4*4*4水盒子的时候用第一个水分子结构，能量最小化时最大受力没法收敛到100，而第二个水分子结构可以收敛。

牧生 · 发表于 Post on 2022-3-5 19:38:28

我不认为这两个pdb有本质区别。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-5 21:35:24

拓扑文件必须和结构文件里原子顺序对应
两个文件里O和H的顺序明显不同，用哪个显然看你用的水的[moleculetype]的[atoms]里原子顺序是什么

Wenchuan · 发表于 Post on 2022-3-6 08:57:19

本帖最后由 Wenchuan 于 2022-3-6 10:31 编辑

sobereva 发表于 2022-3-5 21:35
拓扑文件必须和结构文件里原子顺序对应
两个文件里O和H的顺序明显不同，用哪个显然看你用的水的[moleculet ...

我明白了，但如果在packmol建模后O和H顺序与水的[moleculetype]的[atoms]里的顺序不同，比如结构文件和itp文件分别为

water.pdb (255 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) 和

spce.itp (815 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5) ，进行能量最小化并可以收敛到最大力小于100，得到结构的O和H顺序与水的[moleculetype]的[atoms]又变得相同，并且得到的结构可以进行后续的平衡相模拟和产生相模拟，这样得到的结构合理吗？就是说能量最小化过程如果收敛到最大力小于100，会将水分子的键长和键角调整到合理吗？能量最小化的mdp文件为

em.mdp (353 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) ，是不是拓扑文件合理就可以了？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-6 18:10:05

Wenchuan 发表于 2022-3-6 08:57
我明白了，但如果在packmol建模后O和H顺序与水的[moleculetype]的[atoms]里的顺序不同，比如结构文件和it ...

收敛限设得越严，当然得到的结果越精确接近当前力场层面下的极小点
packmol建模产生的文件里分子里的原子顺序和你提供的单体分子pdb文件里的顺序一致

Wenchuan · 发表于 Post on 2022-3-6 19:09:08

本帖最后由 Wenchuan 于 2022-3-6 19:14 编辑

sobereva 发表于 2022-3-6 18:10
收敛限设得越严，当然得到的结果越精确接近当前力场层面下的极小点
packmol建模产生的文件里分子里的原 ...

感谢sobereva老师的回复，我想表达的意思是：如果在能量最小化开始时，结构文件中水分子的原子排列顺序与top文件中水分子的原子排列顺序不一致，那么在能量最小化开始时会按top文件处理，那么水分子的一个氧原子与氢原子位置将互换，也就是水分子的键长键角变得不合理，等能量最小化收敛后水分子各原子位置又按照top文件恢复到合理状态，这样得到的能量最小化结构文件是否也是合理的？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-6 21:18:59

Wenchuan 发表于 2022-3-6 19:09
感谢sobereva老师的回复，我想表达的意思是：如果在能量最小化开始时，结构文件中水分子的原子排列顺序与 ...

结构文件和拓扑文件里原子顺序如果不对应，计算根本毫无意义

Wenchuan · 发表于 Post on 2022-3-6 21:52:18

本帖最后由 Wenchuan 于 2022-3-6 22:12 编辑

sobereva 发表于 2022-3-6 21:18
结构文件和拓扑文件里原子顺序如果不对应，计算根本毫无意义

感谢您的回复，那如果结构文件和拓扑文件里原子顺序对应，但是itp文件不是由分子结构文件生成，二者不太一致，结构文件没有进行能量优化，经过能量最小化，能否使分子结构文件与拓扑文件里的分子结构参数相符呢？比如根据拓扑文件

spce.itp (815 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2) 能量最小化得到了结构文件

em.gro (183 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) ，这个结构文件是否是符合拓扑文件结构信息的合理结构呢？

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[GROMACS] 请问初始水分子结构文件不同会影响模拟结果吗？

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