本帖最后由 丁越 于 2022-5-1 13:16 编辑
8375c装机记录
最近按照sob老师的《计算化学购机配置推荐》博文（http://sobereva.com/444）的推荐购置了一台8375c，现在我把我装机过程中的经验与大家分享一下。由于我并非专业的计算化学出身，可能有些地方免不了由于经验不足而产生错误的判断甚至误区，希望坛子的各位老师多多批评指正 。
一、硬盘以及备份策略
本机配置了三块硬盘，分别是一块256 GB 三星固态硬盘和两块4 TB 希捷机械，这么做考虑的原因是将256GB的三星固态作为系统盘，挂载在"/" 目录下，并且将各种软件安装在"/opt"下；一块4T机械挂载在"/home"目录下；剩下的一块4T机械作为备份盘。系统的分区如下所示：
| 挂载点 | 容量 | | swap | 4GB，在256GB硬盘中 | | boot/efi | 200M，在256GB硬盘中 | | boot | 2GB，在256GB硬盘中 | | / | 256GB硬盘剩下的所有容量 | | /home | 其中一块4T硬盘 | | /backup | 剩下的一块4T硬盘 |
系统安装的是最新的CentOS 9 stream，由于其已经内置了rsync备份软件，所以无需再去安装。另外，我们用rsync的增量备份方式去备份/home的内容，备份脚本如下所示：
- #!/bin/bash
- # A script to perform incremental backups using rsync
- set -o errexit
- set -o nounset
- set -o pipefail
- readonly SOURCE_DIR="/home"
- readonly BACKUP_DIR="/backup/my_backup"
- readonly DATETIME="$(date '+%Y-%m-%d_%H:%M:%S')"
- readonly BACKUP_PATH="${BACKUP_DIR}/${DATETIME}"
- readonly LATEST_LINK="${BACKUP_DIR}/latest"
- mkdir -p "${BACKUP_DIR}"
- rsync -av --delete \
- "${SOURCE_DIR}/" \
- --link-dest "${LATEST_LINK}" \
- --exclude=".cache" \
- "${BACKUP_PATH}"
- rm -rf "${LATEST_LINK}"
- ln -s "${BACKUP_PATH}" "${LATEST_LINK}"
备份脚本使用很简单，以root账号登陆服务器，将该备份脚本命名为backup.sh并放在在其家目录下，chmod +x backup.sh 赋予其可执行权限。然后在/backup下建立一个my_backup的目录（这么做主要是我还想在这个backup盘里放点其他的东西，所以给备份文件另外建了my_backup目录）。最后输入crontab -e 设定定时任务让其每个月一号的凌晨三点执行该备份脚本一次，crontab任务设置为如下所示，如果不会设置的话自行看看这个文档（ https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/）： - 0 3 1 * * /root/backup.sh
二、Lmod模块化管理软件
2.1 Lmod安装 lmod是基于lua的module化管理软件的应用，所以要想安装lmod必须先安装好lua。由于CentOS 9 stream 已经内置了lua，但是在安装lmod过程中会遇到lua包不全的问题，这个很简单，按照报错提示dnf install 安装相应缺少的包就行。首先去( https://sourceforge.net/projects/lmod/files/)下载lmod-8.6.tar.bz2，放到/opt下，tar -xjf lmod-8.6.tar.bz2解压之。接下来，检查下面这些包在你的机子上是否安装了，没有则dnf装之： - $ rpm -qa | grep lua
- lua-posix-5.1.7-1.el6.x86_64
- lua-5.1.4-4.1.el6.x86_64
- lua-filesystem-1.4.2-1.el6.x86_64
- lua-devel-5.1.4-4.1.el6.x86_64
然后cd 进入解压目录，以最简单的方式编译： - ./configure --prefix=/opt/lmod
- 没有configure 成功按照上面提示安装缺少包
- make install
下面将lmod的初始化脚本软连接到/etc/profile.d和/etc/fonts/conf.d中：
- ln -s /opt/lmod/lmod/lmod/init/profile /etc/profile.d/z00_lmod.sh
- ln -s /opt/lmod/lmod/lmod/init/cshrc /etc/profile.d/z00_lmod.csh
- ln -s /opt/lmod/lmod/lmod/init/profile.fish /etc/fonts/conf.d/z00_lmod.fish
下面就要去/opt/lmod/lmod/lmod/modulefiles/Core/下去设置modulefile了。我们由简单到复杂一点，分别给出几个案例供大家参考：
2.2 lmod module管理vmd-1.9.3
- -- -*- lua -*-
- whatis("Version=1.9.3")
- prepend_path("PATH","/opt/vmd/bin")
2.3 lmod module管理oneAPI
怎么安装oneAPI可以参考（http://bbs.keinsci.com/thread-25162-1-1.html），我们以root身份将oneAPI安装在/opt/oneapi中，有两种方式来产生modulefile，一种是利用oneapi目录下的modulefiles-setup.sh来产生oneAPI中所有工具包的modulefile,用法如下面所示，但是存在的问题是我们用不到这么多包，module avail 查看可以module的程序你就会发现密密麻麻的一堆跟openapi有关的，所以很不方便。- ./modulefiles-setup.sh --output-dir=/opt/lmod/lmod/lmod/modulefiles/Core/oneAPI/ --ignore-latest
下面就以mkl为例说一下用法：
将env2脚本放到/root下，然后赋予其可执行权限。假设mkl的var.sh在oneapi的/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/env下，执行：
- ./env2 -from sh -to modulecmd "/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/env/var.sh" > 2022
- #%Module1.0###################################################################
- prepend-path CPATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/include};
- setenv NLSPATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/lib/intel64/locale/%l_%t/%N};
- prepend-path PATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/bin/intel64};
- prepend-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/lib/intel64};
- setenv MKLROOT {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2};
- prepend-path PKG_CONFIG_PATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/lib/pkgconfig};
- prepend-path LIBRARY_PATH {/opt/oneapi/mkl/2022.0.2/lib/intel64};
2.4 lmod module管理QE
不要嫌我啰嗦，我再赘述一边流程 。在/opt/lmod/lmod/lmod/modulefiles/Core/下建立QE目录，然后在QE目录下建立名为7.0的文件（我用intel编译器编译的QE-7.0），文件内容如下所示：- -- -*- lua -*-
- whatis("Version=7.0 with intelmpi parallel")
- conflict("openMPI/4.1.1")
- load("oneAPI/mkl/2022","oneAPI/mpi/2022")
- prepend_path("PATH", "/opt/qe7.0/bin")
- prepend_path( "LD_LIBRARY_PATH", "/opt/oneapi/compiler/2022.0.2/linux/compiler/lib/intel64_lin")
conflict中内容说的就是当我们module load QE 时已经module的模块中不能有openmpi存在，否则就不能正常load QE。因为刚才说了我是用intel编译器编译的QE，所以不能和openmpi同时存在。使用QE前需要提前load mkl和intelmpi，就是load("oneAPI/mkl/2022"," oneAPI/mpi/2022")这一行的作用，并且当我们module unload QE时mkl和mpi也会被同时unload。
2.5 lmod module管理Gaussian
再次强调一下本文中我们一直是以root身份登录账号并进行各种文件的配置。首先将g09.tar.gz包放到/opt中，解压之。更改所属者和组以及权限，chown -R root:gauss g09 ； chmod 750 -R g09/*。接着我们在/home目录下建立scratch目录，更改所属组和权限chown -R root:gauss scratch ； chmod 770 scratch（公用gaussian我是只能想到这个办法搞了，建立高斯的公用组gauss，然后将用户添加进这个组，不知道大家都是怎么弄的，欢迎交流呀！）。然后copy一份g09/bsd/g09.profile的文件到root的家目录下，将该文件的gr=$HOME修改为gr=/opt，然后通过env2产生g09的modulefile:- ./env2 -from sh -to modulecmd "./g09.profile" > g09
- #%Module1.0###################################################################
- setenv g09root /opt
- setenv GAUSS_SCRDIR /home/scratch
- setenv PGI_TERM {trace,abort};
- setenv GAUSS_EXEDIR {/opt/g09/bsd:/opt/g09/local:/opt/g09/extras:/opt/g09};
- setenv G09BASIS {/opt/g09/basis};
- setenv GAUSS_BSDDIR {/opt/g09/bsd};
- setenv GV_DIR {/opt/gv};
- setenv GAUSS_ARCHDIR {/opt/g09/arch};
- append-path PATH {/opt/g09/bsd};
- append-path PATH {/opt/g09/local};
- append-path PATH {/opt/g09/extras};
- append-path PATH {/opt/g09};
- setenv _DSM_BARRIER {SHM};
- prepend-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/g09};
- prepend-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/g09/extras};
- prepend-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/g09/local};
- prepend-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/g09/bsd};
- append-path LD_LIBRARY_PATH {/opt/gv/lib};
- setenv GAUSS_LEXEDIR {/opt/g09/linda-exe};
| 
发表于 Post on 2022-3-5 22:32:48
收藏 Add to favorites
楼主 Author