一个python脚本 idpp.py 中的疑问

Jiongci-21 · 发表于 Post on 2022-3-7 11:12:12

idpp.py 是用来进行NEB插点构造过渡态搜索需要的输入结构的脚本。我在阅读脚本的时候，有一些疑惑的地方。在第61行，代码搜索 CONTCAR 中是否有 ’dir' 字符串，存在的话将 direct 变量设置为1，但是把列表内的对应元素改成了"Cartesian"。这是为啥呢？不存在的话，direct设置为0。

然后来到137行，确认输入结构的坐标表示时，"if direct"这段代码不就和意图矛盾了吗？CONTCAR中匹配到了 "dir" ，然后又在137-153的代码将Direct坐标转换成Cartesion坐标。

以下附上idpp.py的脚本文件。

因为正处于学习python的阶段，很多地方不是很懂，如果有什么不对的地方还请各位能给予批评和指导。谢谢！！

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-3-7 15:37:31

61行附近那里是，如果是Direct，把head对应位置改为Cartesian，并将direct置为1；反之，direct置为0。这样的话，后续137行后的内容，direct为1的情况向Cartesian转换；0的情况不做处理，也就是说无论怎样都转换为Cartesian。你可以再往下看几行，就是用Cartesian去算距离，所以程序内部实际上还是按照Cartesian存的，这里的注释不正确。

另外这个程序代码风格不算特别好，按道理应该把io和插值这些按照函数或类进行模块化在设计的角度来说更为合适。

Jiongci-21 · 发表于 Post on 2022-3-8 09:48:13

卡开发发发表于 2022-3-7 15:37
61行附近那里是，如果是Direct，把head对应位置改为Cartesian，并将direct置为1；反之，direct置为0。这样 ...

好的，谢谢发发老师。我在另个帖子看到您写的makeneb.py，也学习阅读一下

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-3-8 11:18:46

Jiongci-21 发表于 2022-3-8 09:48
好的，谢谢发发老师。我在另个帖子看到您写的makeneb.py，也学习阅读一下

说不上是我写的，就是把ase的函数包装了一下而已。这脚本要传达的精神就是很多东西没必要重复造轮子，甚至不脱离某些函数库其实技术上无非平平无奇罢了。

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 09:57:05

请问楼主，我用nebmake.pl线性插点老是无法收敛，反复调整了几天，都是一样的。所以这两天在研究idpp.py,我在调用idpp.py时，我是直接python idpp.py IS FS 5。然后就出现loop 1、loop 2.。。。但是直到1000次，没有出现正确的插点。只是让我调整结构，请问应该怎么处理呢。还有，这个脚本只做固定部分原子的插点吗？抱歉，不熟悉python，所以请教您怎么使用这个脚本

rui啊啊啊啊啊 · 发表于 Post on 2023-1-4 11:31:24

静哥哥发表于 2022-6-11 09:57
请问楼主，我用nebmake.pl线性插点老是无法收敛，反复调整了几天，都是一样的。所以这两天在研究idpp.py,我 ...

您好请问这个问题您解决了吗我也遇到了同样的问题想找您请教一下

t13340033021 · 发表于 Post on 2023-5-26 06:34:24

rui啊啊啊啊啊发表于 2023-1-4 11:31
您好请问这个问题您解决了吗我也遇到了同样的问题想找您请教一下

减小步长增大k 一般可以解决问题

chy914681393 · 发表于 Post on 2024-9-16 10:31:55

t13340033021 发表于 2023-5-26 06:34
减小步长增大k 一般可以解决问题

请问增大k指的是什么呢

one_is_all · 发表于 Post on 2024-9-19 14:02:29

chy914681393 发表于 2024-9-16 10:31
请问增大k指的是什么呢

把KPOINTS增大吧

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[Python] 一个python脚本 idpp.py 中的疑问