请教如何将多肽和膜放到同一个盒子中

百尺竿头 · 发表于 Post on 2022-3-7 20:30:00

本人Gromacs小白，想做多肽在细胞膜上吸附有关的模拟（不是膜蛋白），想问下如何把多肽和细胞膜放进同一个体系，并且对二者的相对位置进行设定（令多肽在膜上方与膜有一定距离，并且多肽的轴与膜平面平行）？另外在选择力场的时候是应该对多肽和膜分别选择力场吗，应该如何实现呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-7 22:18:42

自己把多肽的gro文件里的坐标部分拷到细胞膜的gro文件的坐标部分后面，把gro开头的原子数改成实际情况。然后VMD载入复合体系的gro，再自行在VMD里挪动多肽到合适位置

膜和多肽用的力场显然不一样

百尺竿头 · 发表于 Post on 2022-3-8 11:14:16

sobereva 发表于 2022-3-7 22:18
自己把多肽的gro文件里的坐标部分拷到细胞膜的gro文件的坐标部分后面，把gro开头的原子数改成实际情况。然 ...

老师，我在用pdb2gmx给膜生成gro文件时，选择力场后报错：Atom type CET1 (residue SM18) not found in atomtype database应该怎么办呢？

百尺竿头 · 发表于 Post on 2022-3-8 18:00:51

sobereva 发表于 2022-3-7 22:18
自己把多肽的gro文件里的坐标部分拷到细胞膜的gro文件的坐标部分后面，把gro开头的原子数改成实际情况。然 ...

老师，上午的那个问题我已经解决了，但是当我把多肽gro文件里的坐标拷到膜gro文件的坐标后面再载入VMD之后发现多肽跑到了膜里面和膜混在一起了，无法选中多肽并移动，请问这样应该怎么办呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-9 04:53:11

百尺竿头发表于 2022-3-8 18:00
老师，上午的那个问题我已经解决了，但是当我把多肽gro文件里的坐标拷到膜gro文件的坐标后面再载入VMD之 ...

Graphics - Representation里用恰当的选择语句选择多肽（一般写protein就可以）
然后选Mouse - Move - Rep，拖动多肽部分移动

想重新判断成键，用下文的做法
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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