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[Gaussian/gview] 全网首发!如何在 M1 chip 的 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6

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发表于 Post on 2022-3-8 19:38:43 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 johnshall 于 2023-1-29 11:23 编辑

  故事起源于早上的物理化学课,老师要求安装 Gaussian 09 来预测结构数据。当然 Mac 用户是永远得不到关爱的,老师不会给我提供安装包,于是我就在网上探寻一番,发现 Gaussian 09 真的已经太古老了:官方仅仅发行了适用于  MacOS 的 32 位版本。而激进的苹果从 macOS Catalina 开始不再兼容 32 位 App。且网上相关资料较少,我看到了大量求助帖却得不到有效的回复。经过一上午的摸索我终于实现了在 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6,在这里记录一下踩坑的路,希望可以帮上各位科研工作者。

  首先聊一聊 Gaussian 套件的结构,简单的说是在 GaussView 上作图,然后通过 Gaussian 进行分析运算。最直接粗暴的方法是用 Wine 容器直接安装 Windows 版本的 Gaussian 与 GaussView(我没试过,盲猜性能极低且兼容性很差)。且我这里的结构是:利用 Crossover 容器运行 GaussView 6,导出草图后放入运行在原生 macOS 上的 Gaussian 09 进行运算,实现性能最大化。

先回答几个问题:

  • 为什么我要用 GaussView 6 的 Windows 版本?
    • 答:我能找到的 GaussView 5 的 Mac 版本是 32 位的,并且找不到 GaussView 6 的 Mac 版本;
  • 我可以在 Crossover 中运行 GaussView 5 吗?
    • 答:经过各种参数的枚举,所有我能找到的 GaussView 5 版本均无法成功的在 Crossover 中安装,当然这个结论不一定对,您可以自行安装测试;
  • Gaussian 09 需要破解吗?
    • 答:不需要,但是 GaussView 需要提供一个序列号。

那么,背景铺设完毕,跟着我一起来吧!

1. 材料准备
  • macOS Catalina 以上版本(如果是 Inter 芯片将获得更佳性能,Apple 芯片则需要 Rosetta 2 转译)
  • Gaussian 09M 下载 Mac 文件夹下的 G09M.zip
  • GaussView 6 下载 Windows 文件夹下的 [url=]GV6.0.16_win64.exe,记住文件夹下文本文件提供的序列号[/url]
  • 需要一些命令基础和反复阅读的双眼
2. 安装 Gaussian 09
  • 解压 G09M.zip 将获得的 gaussian09 文件夹拖入“应用程序”文件夹下(/Users/你的用户名/Applications);
  • 按住 command + 空格 输入 terminal 打开终端(# 后内容为注释,不用输入);
  • 设定权限
    • 输入命令 chmod 750 ~/Applications/gaussian09
  • 设定环境变量
    • 输入命令 vim ~/.zshrc  # macOS Catalina 及以上版本默认终端应该都是 zsh
    • 确保在英文输入模式下,
      • 按 G      # 跳转到末尾
      • 按 shift + 4    # 跳转到行尾
      • 按 a    # 进入编辑模式
      • 按回车
      • 输入 export g09root=/Applications/gaussian09/    # 然后按回车
      • 输入 export GAUSS_SCRDIR=/Applications/gaussian09/Scratch    # 这句命令是配置临时文件夹,然后按回车
      • 输入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile
      • 按 esc 键
      • 按 : 键
      • 输入 wq
      • 按回车
    • 关闭终端,在 dock 栏右击 terminal 图标,点退出,确认下方圆点消失
  • 至此,Gaussian 09 安装完毕
2. 安装 GaussView 6
  • 安装 Crossover(这个就各显神通了,我个人安装的是 Crossover 21.2 ,打开需要魔法);
  • 打开 Crossover,选择 安装 Windows 程序;
  • 点击左下角,查看所有应用程序;
  • 选择 科学,技术与数学 --> 生物与化学 --> Palynodata (没有为什么,因为这是试出来的,可以完美运行),点击继续;
  • 选择安装包 --> 下载安装程序 --> 选择之前下载的 [url=]GV6.0.16_win64.exe,点击继续;[/url]
  • 容器使用“新 Windows 10 64-bit 容器”,右边取个名字,然后按继续,就像 Windows 那样安装,记得设桌面图标与文件后缀关联;
  • 安装需要序列号,可以在之前百度云中文本文件找到;
  • 打开运行吧!
3. 协同 Gaussian 09 与 GaussView 6
  • 在 GaussView 6 中绘图,保存到 C 盘下;
  • 打开 Crossover 主程序,选择右边的容器,右击,“打开 C: 盘”,
  • 把文件拷贝到任意文件夹下,例如“文档”文件夹(这里按照“文档”文件夹做演示,其他文件夹改目录即可);
  • 右击文件,用任意文本编辑器打开,将第一行的 %chk=C:\你的文件名.chk 改为 %chk=你的文件名.chk ,或者直接留空
  • 打开终端,输入 cd ~/Documents/
  • 按照需要的方法在终端运行

常见有以下几种,test.gjf是输入文件
g09 < test.gjf > test.out    (信息都输出到test.out里。末尾可以再加上&令任务在后台运行)
g09 < test.gjf |tee test.out (信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上)
g09 test.gjf  (输出文件将默认为当前目录下的test.log)

大功告成

参考资料:

欢迎转载,转载请注明来源:

https://metaphorme.github.io/post/setup-gaussian09-and-gaussview6-on-macos/

本作品采用 知识共享署名 4.0 国际许可协议 进行许可



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发表于 Post on 2022-3-8 19:50:22 | 显示全部楼层 Show all
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公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-3-8 20:02:52 | 显示全部楼层 Show all
里面有些东西有些敏感,我设了阅读权限
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-8 20:06:19 | 显示全部楼层 Show all
最后博客链接有误,打不开
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 20:15:44 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 johnshall 于 2022-3-13 01:20 编辑
wzkchem5 发表于 2022-3-8 20:06
最后博客链接有误,打不开

https://blog.metaphorme.net/index.php/archives/全网首发-如何在-M1-chip-的-macOS-上优雅的使用-Gaussian-09-与-GaussView-6.html

您好!正确的地址见上!我是本文的作者,拥有转载的权利,还请放心观看

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发表于 Post on 2022-3-8 20:32:39 | 显示全部楼层 Show all
测试一下G09的效率

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发表于 Post on 2022-3-8 20:42:39 | 显示全部楼层 Show all
”优雅“这个词的使用有社长的风范。

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发表于 Post on 2022-3-8 20:58:36 | 显示全部楼层 Show all

我测过G16M A03, M1 上跑 (8核心,4大4小) 大概相当于6核心10代intel CPU在linux上跑。0397 700秒左右

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发表于 Post on 2022-3-10 08:03:53 | 显示全部楼层 Show all
老师在课上提供安装包,说明你们还是管得很宽松的嘛!我记得我本科时物化实验课上有一节是用Gaussian 09算东西(当时Gaussian 16还没出来),当时是在一个房间里放了几台台式机,Windows操作系统,已经装好了Gaussian 09,老师教本科生用。老师当时直接说明了,学校买了site license,如果我们想在自己的笔记本电脑上安装的话,需要签署一个书面的协议交给化院的院长,然后才可以得到安装包与序列号。

当时大家想自己玩Gaussian 09的话,基本都是从网上找的安装包与序列号,没有谁愿意去找院长(这么做,也就与学校买的site license没什么关系了)。

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发表于 Post on 2022-3-10 08:16:13 | 显示全部楼层 Show all
crossover是商业软件,近60美元。小心一点。

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发表于 Post on 2022-3-11 13:32:06 | 显示全部楼层 Show all
测试了一下,用mac版的G16 C.01在M1 Pro (10核心,8大2小)跑了test0397,耗时305秒。
Ph.D., Kyoto University
E-mail: wongzit@yahoo.co.jp
Homepage: wongzit.github.io

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发表于 Post on 2022-3-11 14:40:17 | 显示全部楼层 Show all
wangzhe 发表于 2022-3-11 13:32
测试了一下,用mac版的G16 C.01在M1 Pro (10核心,8大2小)跑了test0397,耗时305秒。

那看来基本上就是比M1翻倍的速度。 那按比例算下来 M1 ultra 2分多钟三分钟应该是得要了。

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发表于 Post on 2022-3-12 21:42:52 | 显示全部楼层 Show all
paramecium86 发表于 2022-3-11 15:40
那看来基本上就是比M1翻倍的速度。 那按比例算下来 M1 ultra 2分多钟三分钟应该是得要了。

嗯嗯。M1 pro和M1 max应该没差多少
Ph.D., Kyoto University
E-mail: wongzit@yahoo.co.jp
Homepage: wongzit.github.io

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发表于 Post on 2022-8-19 18:52:21 | 显示全部楼层 Show all
感谢大神提供软件包,本人比较懒,直接装了Mac版的gview5。发现运行出现找不到/private/var/.../data这个文件夹,但是sudo执行gview.app/.../MacOS/gview就可以顺利运行。所以就把/etc/sudoers改成免密然后把那个gview的binary改了个名字然后原地写个叫gview的bash加sudo执行这个binary……然后就可以点击app图标正常打开了。其实sudo不免密理论上用echo的命令也可以自动输入密码,嗯我就是懒。总之谢谢大神的软件包,之前真没见过Mac版的。

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发表于 Post on 2022-9-28 16:09:09 | 显示全部楼层 Show all
大佬,我按照您的教程安装的过程中,到安装Gaussivew的第六步,Crossover报错,无法正常安装,使用的资源都是您教程中提供的,机器是macbookproM1,请问是什么问题呢
截屏2022-09-28 16.08.22.png
谁终将声震人间,必长久深自缄默。
谁终将点燃雷电,必长久如云漂泊。

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