求助蛋白与金属配体的拓扑参数设置

哈哈 · 发表于 Post on 2022-3-10 20:04:43

本帖最后由哈哈于 2022-3-11 09:40 编辑

老师关于蛋白与配体之间的配位键的处理：首先我用sobtop得到配体的拓扑参数，然后通过pdb2gmx得到蛋白的参数，总的拓扑为#topop.top，2after_dock_ligand3.itp。其中蛋白中HID的N和配体中的Fe有配位键（图1），但在跑md时，两者距离变远，角度也发生了较大变化。故想在拓扑参数中体现配位，于是优化配体和下面的HID的结构通过sobtop得到配位相关的键长和键角的拓扑，将配体和配位的参数整合到topol.top中（图二三）,可以em，跑限制性nvt时为图四报错，想问这种可能如何解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-10 22:35:51

如果没加那个bond项的时候只是配体会跑走，把那个bond项的k改小点先试试
另外，尝试先用较小的步长跑一阵，等弛豫了再换回原先的步长

哈哈 · 发表于 Post on 2022-3-11 09:42:08

sobereva 发表于 2022-3-10 22:35
如果没加那个bond项的时候只是配体会跑走，把那个bond项的k改小点先试试
另外，尝试先用较小的步长跑一阵 ...

谢谢老师的回复在nvt中步长由1fs改为0.5fs,先减小配体和HID的N的键长力常数，仍然报类似前面的图四的错误；然后同时减小配体和HID的N的相应的键角的力常数，报错仍类似图四; 最后将该配位键的参数注销（#topol.top2），发现这个跑nvt也是图四错误；还请老师帮忙看看（不好意思，之前拓扑加的配位键序号加错了，在重新上传的附件中修改了）

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-12 05:07:17

哈哈发表于 2022-3-11 09:42
谢谢老师的回复在nvt中步长由1fs改为0.5fs,先减小配体和HID的N的键长力常数，仍然报类似前面的图四的错 ...

我目前没时间仔细看文件
如果不设配位键都不行，你最好先测试配体单独在水环境下模拟能否正常跑

哈哈 · 发表于 Post on 2022-3-13 18:45:26

本帖最后由哈哈于 2022-3-14 08:36 编辑

sobereva 发表于 2022-3-12 05:07
我目前没时间仔细看文件
如果不设配位键都不行，你最好先测试配体单独在水环境下模拟能否正常跑

老师我试了单独配体在水溶液中跑，nvt npt可以。md500ps内可以维持结构，1ns时结构就不能维持了，相比初始的结构来看（图1,2），整个结构中一部分被拉开（图3）。这是可能是拓扑参数还是我设置有问题？
其中

2after_dock_ligand3.gro 是配体加水盒子的坐标

2_dock_ligand3.top和2after_dock_ligand3.itp 是配体以及水的拓扑参数

md.mdp是跑md的参数设置

out-md.gro 和out-md.xtc分别是md产生的坐标和压缩的轨迹文件

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-14 02:08:57

哈哈发表于 2022-3-13 18:45
老师我试了单独配体在水溶液中跑，nvt npt可以，md500ps内可以维持结构，1ns时结构就不能维持了。这是 ...

每次传文件的时候都明确说清楚各个文件对应什么，别让别人猜。不能维持说清楚怎么不能维持

云隐i · 发表于 Post on 2025-6-7 16:59:51

你好，请问问题解决了吗？如何解决的，感谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助蛋白与金属配体的拓扑参数设置

浏览过的版块