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[GROMACS] 水分子结构可以通过能量最小化优化吗?

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楼主
如果水分子初始结构文件中键长键角不太合理,将此结构文件按照标准spce水模型spce.itp文件能量最小化收敛后,得到的结构文件是否合理呢?

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发表于 Post on 2022-3-13 06:57:28 | 只看该作者 Only view this author
不知道你的实际目的是什么,具体怎么个不合理,和水模型里定义的几何参数偏离多少。有少许偏离根本不用管。偏离得很多可以做能量极小化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 15:32:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-13 06:57
不知道你的实际目的是什么,具体怎么个不合理,和水模型里定义的几何参数偏离多少。有少许偏离根本不用管。 ...

明白了,多谢老师的解答。

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