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[GROMACS] 求助gromacs蛋白质退火问题

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本帖最后由 Tyzhang 于 2022-3-15 10:43 编辑

研究目的:蛋白溶于水中研究不同加工温度对它的影响在10ns内从4℃升高至75℃,随后继续模拟190ns。
问题:在进行限制性预平衡的时候,nvt和npt中的温度耦合参数ref-t温度该如何设置,是设置成4
还是75℃?
谢谢大家!!

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发表于 Post on 2022-3-15 13:55:10 | 只看该作者 Only view this author
用了退火设置ref-t就没意义了,不影响结果
一般没必要做NVT,多此一举
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 14:34:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 13:55
用了退火设置ref-t就没意义了,不影响结果
一般没必要做NVT,多此一举

好的,谢谢sob老师的解答!

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