acpype命令出现错误

陈小黑啊啊啊

我正在学习分子模拟。在采用acpype.py文件计算时遇到命令错误如下：
[root@localhost 3]# ./acpype.py -i AC-.mol2 -c user
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2022 AWSdS |
============================================================================
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second

mol2文件和acpype.py文件在附件。麻烦各路大神帮我一下。

牧生

首先，明确一下你画的结构式没有错误，
然后，参考例 2       http://sobereva.com/soft/Sobtop

Villain_IP

是你的分子的mol2文件还没有补氢，先放在GaussView自动补氢；然后用这个命令运行：$ ./acpype.py -i AC-.mol2 -n 0 (PS: -n代表体系所带的电荷)

陈小黑啊啊啊

Villain_IP 发表于 2022-3-18 13:40
是你的分子的mol2文件还没有补氢，先放在GaussView自动补氢；然后用这个命令运行：$ ./acpype.py -i AC-.mo ...

谢谢大神

陈小黑啊啊啊

牧生 发表于 2022-3-18 13:10
首先，明确一下你画的结构式没有错误，
然后，参考例 2       http://sobereva.com/soft/Sobtop

谢谢大神。查明mol2文件确实有问题