GMX源码阅读方法请教

lishine · 发表于 Post on 2022-3-20 00:05:24

闲来无事，想啃gromacs的源码，一是学习分子动力学的基础算法，二是想把gromacs摸透，以方便未来更好地自行修改代码。那么请问应该以怎样的路径去学习它？

会C/C++，不会fortran的情况下，
1）请问从哪个版本开始看比较合适？（我看比较老的版本是3.0甚至1.6）
2）大家是否有一些源码阅读的经验

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-3-20 03:46:43

gmx那里用到fortran了。。。。2018之前应该都是C

lishine · 发表于 Post on 2022-3-20 12:34:27

本帖最后由 lishine 于 2022-3-20 12:35 编辑

喵星大佬发表于 2022-3-20 03:46
gmx那里用到fortran了。。。。2018之前应该都是C

我以为早期版本有混合编程。那请问从哪个版本入手看比较合适？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-20 18:55:59

越新的版本越复杂
十几年前的GROMACS 3.3算是比较成熟、广泛流行的版本，想读可以读，但对于改目前版本代码未必有什么帮助。

lishine · 发表于 Post on 2022-3-20 20:47:36

sobereva 发表于 2022-3-20 18:55
越新的版本越复杂
十几年前的GROMACS 3.3算是比较成熟、广泛流行的版本，想读可以读，但对于改目前版本代 ...

谢谢sob老师！

lyj714 · 发表于 Post on 2022-3-20 22:09:58

依我看2019.6不错。没有2020以及以后的激进，也没有之前的速度方面太低的问题。大部分都是c++，少部分是cuda和纯C，但是中间涉及到的有极少部分汇编。但是比起看源码，MD的基础原理理论更为重要。否则就算你看得懂代码，也不明白是个什么东西

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-21 07:22:43

如果目的只是学习动力学模拟编程，还不如看Dennis Rapaport的The Art of Molecular Dynamics Simulation，里面理论算法介绍和C语言代码都有，比看现成程序代码效率高多了。

lishine · 发表于 Post on 2022-3-22 14:30:36

sobereva 发表于 2022-3-21 07:22
如果目的只是学习动力学模拟编程，还不如看Dennis Rapaport的The Art of Molecular Dynamics Simulation， ...

那本书我看了一半，边看边编。但是那本书没有涉及力场、拓扑等的相关内容，感觉拿来辅助学习MD本身比较好。如果真的要实战写程序以及满足仿真需求跑数据，还是在GMX3.3版本上修改和改编是否更好？

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