轴手性化合物旋转能垒计算，跑完过渡态后IRC只有两个点

MoriyaSuwako · 发表于 Post on 2022-3-20 11:38:48

本帖最后由 MoriyaSuwako 于 2022-3-21 14:25 编辑

各位老师好！我希望计算图1中轴手性化合物对应粉色C-C键的旋转能垒，首先是用PM6对其进行了柔性扫描后得到图2，并将图二中两个能量极大点认为是旋转过渡态，并以此计算旋转能垒。
对扫描发现的两个能量极大点均出现以下情况:在B3lyp-D3/6-311G**下对取出的过渡进行优化，得到-27.82的虚频，振动方向对应C-C键旋转方向，然后进行第一次IRC扫描，发现两侧IRC曲线均只跑了一个点，因此使用#b3lyp/6-311g(d,p) opt(TS,calcall,noeigen,tight) fre em=gd3bj int=ultrafine进行过渡态优化,得到下图过渡态(图3为图2扫描得到的右侧极大点)。再次进行IRC扫描(#IRC(calcfc,stepsize=15,maxpoints=50,LQA) b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj int=ultrafine)仍只有两个点(图4).
请问这是由于过渡态找错了吗？还是说这本身是一个多步旋转过程，我应该重新考虑旋转历程？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-20 16:43:16

参见http://sobereva.com/400

ionexchangeC · 发表于 Post on 2022-3-20 16:54:09

我认为你过渡态都没找对。可否上传输出文件？

MoriyaSuwako · 发表于 Post on 2022-3-21 14:28:18

ionexchangeC 发表于 2022-3-20 16:54
我认为你过渡态都没找对。可否上传输出文件？

附件已经上传，我也认为过渡态没有找对，我是通过柔性扫描C-C键，选取能量最高点作为过渡态。请问应该怎样选取合适的过渡态？还是我应当在当前选取的这个结构附近适当的进行调整即可？

ionexchangeC · 发表于 Post on 2022-3-22 13:24:49

本帖最后由 ionexchangeC 于 2022-3-22 13:26 编辑

IRC也要用int=ultrafine补充：不过这是G16默认设定，应该不是导致问题的原因

sai77 · 发表于 Post on 2022-3-22 15:40:12

IRC也用calcall关键词，stepsize再设大些，20或者30
泛函用M062X感觉更好些

另外，你这个化合物是不是有2根手性轴

ionexchangeC · 发表于 Post on 2022-3-22 17:36:36

尝试IRC=stepsize=30

dfavor · 发表于 Post on 2023-7-4 22:37:37

你好，请问你这个只跑一个点的问题解决了吗，我最近也遇到了类似的问题想请教一下

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[新手求助] 轴手性化合物旋转能垒计算，跑完过渡态后IRC只有两个点