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[其它程序] 恒电势JDFTx在Centos7虚拟机上的安装经验

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发表于 Post on 2022-3-21 14:04:41 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 wood 于 2022-3-21 14:12 编辑

JDFTx中用于电化学系统的一个特别有用的功能是GC-DFT,它允许电子数量在固定的电子化学势下自动调整。
#逐行运行命令
一、安装基础的开发工具包,需要root权限,一般用于计算的工作站都已经包含了这些软件
##################################################################
使用YUM查找软件包是否已经存在,命令:yum search <keyword>
sudo yum -y update  (耗时操作)
sudo yum install wget
sudo yum install gcc-c++
sudo yum install gcc-gfortran
sudo yum install cmake
#sudo yum -y install pkgconfig
sudo yum -y groupinstall "Development Tools"
sudo yum install gsl-devel
sudo yum install openmpi-devel
sudo yum install fftw-devel
sudo yum install atlas-devel
#sudo yum install openssl
sudo yum install openssl-devel
sudo yum install python3
sudo yum install SDL-devel
sudo yum -y install ntp ntpdate
ntpdate cn.pool.ntp.org && hwclock -w
clear&&date&&echo&&openssl version&&echo&&cmake --version&&echo&&gcc --version

二、Intel oneAPI 2021安装
##################################################################
cd /opt
# 下载和安装Intel? oneAPI Base Toolkit、Intel? oneAPI HPC Toolkit,
# 注意磁盘空间,下载需要 3.5 GB,安装需要 23.3 GB。Intel Parallel Studio XE
wget -c https://registrationcenter-downl ... 1.0.2659_offline.sh   (耗时操作)
#或者网盘下载,链接:https://pan.baidu.com/s/1FmcWhLgljTZM_pqc_7bNpg   提取码:1209
wget -c https://registrationcenter-downl ... 1.0.2684_offline.sh    (耗时操作)
#或者网盘下载,链接:https://pan.baidu.com/s/1VF6KOkWnu6UJ3KA25y1w3Q    提取码:1209
sh l_BaseKit_p_2021.1.0.2659_offline.sh -f /tmp -s -a --silent --eula accept  (耗时操作)
sh l_HPCKit_p_2021.1.0.2684_offline.sh -f /tmp -s -a --silent --eula accept   (耗时操作)     # 安装完成可以看到如下目录结构/opt/intel/oneapi
echo "source /opt/intel/oneapi/setvars.sh" >> ~/.bashrc                                                 # 写source /opt/intel/oneapi/setvars.sh到~/.bashrc
source ~/.bashrc                                         # 生效
logout                                                         # 重启terminal

which icc ifort icpc mpiifort mpirun                                 # 验证Intel编译环境
cd /opt/intel/oneapi/mkl/latest/interfaces/fftw3xf
make libintel64 &&cd /opt/intel/openapi && tree -L 1     # 编译libintel64,25 directories, 7 files
find / -name libfftw3xf_intel.a                                          # 生成libfftw3xf_intel.a库文件
ifort -V                                                                          # 如果显示出了编译器的版本,说明编译器已经可以正常使用了


三、jdftx安装及测试
##################################################################
cd /opt
#见JDFTx网站JDFTx: Main Page
#或者网盘下载,链接:https://pan.baidu.com/s/1whNWpEbhkCnarDnjLF2IAg    提取码:1209
tar xvf jdftx-1.6.0.tar.gz && mkdir build &&cd build
cmake  ../jdftx-1.6.0/jdftx
make -j4                                                         #编译
vi ~/.bashrc
export PATH="/opt/build:$PATH"                  #环境变量
source ~/.bashrc                                         #生效
cd /opt

jdftx -i water.in | tee water.out                        #测试  water.in 来自JDFTx: A first calculation


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发表于 Post on 2022-6-15 17:10:54 | 显示全部楼层 Show all
您好,我在找一个脚本cont2jdftx.py,请问是否可以提供一下,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-26 18:33:02 | 显示全部楼层 Show all
jiaxinliu 发表于 2022-6-15 17:10
您好,我在找一个脚本cont2jdftx.py,请问是否可以提供一下,非常感谢

您好,很抱歉,我这里没有接触过cont2jdftx.py脚本。另外的,如果您已经找到该脚本,您是否方便分享一下?从脚本名字猜测,这个脚本是否是将vasp的CONTCAR格式的结构信息文件转化为jdftx格式的结构信息文件呢?对于该格式的转化,我使用了自行编写的脚本,陈列其后,希望能够有所帮助。
#jdftx格式结构信息文件in.ionpos --->POSCAR格式结构信息文件
链接:https://pan.baidu.com/s/1AB9wIZz_eONbrHRW731rfg
提取码:1209

#jdftx输出信息文件.out --->优化前后的POSCAR/vasp格式结构信息文件
链接:https://pan.baidu.com/s/1hV55GXoSrjEOenL2QLclpg
提取码:1209

#.cell格式结构信息文件 ---> jdftx格式结构信息文件in.ionpos
链接:https://pan.baidu.com/s/1Dhwxh6A-xfOyqbovOykroA
提取码:1209

#.cell格式结构信息文件 --> POSCAR格式结构信息文件
链接:https://pan.baidu.com/s/1_dNWO2nSisgByusGACv5JQ
提取码:1209

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发表于 Post on 2022-8-1 21:25:59 | 显示全部楼层 Show all
wood 发表于 2022-6-26 18:33
您好,很抱歉,我这里没有接触过cont2jdftx.py脚本。另外的,如果您已经找到该脚本,您是否方便分享一下 ...

连接失效了,好心的楼主可否再分享一下谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-11 08:52:17 | 显示全部楼层 Show all
beyond神仙 发表于 2022-8-1 21:25
连接失效了,好心的楼主可否再分享一下谢谢

链接:https://pan.baidu.com/s/1uUaS_BCMqOYnSNV9KZP79w  提取码:1209

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