平面平均差分密度曲线图形绘制问题

madhatter · 发表于 Post on 2022-3-23 20:02:09

本帖最后由 madhatter 于 2022-3-23 20:55 编辑

Zn002表面对尿素的吸附，做了平面平均差分密度曲线，选择a，Z轴全范围，再锌层底部出现莫名的电荷聚集，我按照的是sob老师的教程使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，如果z轴范围选择从锌底层开始到顶部真空，那么图就没啥问题，想问一下出现这种现象，是什么原因？我优化阶段没有优化晶胞，切面后优化的表面，收敛后进行了吸附优化，是否跟前期优化有关？
另一个问题是关于图形内的锌和尿素的吸附能是-0.66eV，是否可以说是化学吸附，并且这种中间电子离散，两端电子聚集的是什么键？有类似研究讨论吗？谢谢各位大佬了。

比sob老师教程里我加了
&SMEAR
      METHOD FERMI_DIRAC
      ELECTRONIC_TEMPERATURE 300 #Electronic temperature of Fermi-Dirac smearing in K
   &END SMEAR
   ADDED_MOS 50 #Number of virtual MOs to solve for alpha and beta spins

其他都一样

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-24 09:36:22

没你的cube文件我没法判断
压缩后传网盘贴链接我看看

madhatter · 发表于 Post on 2022-3-24 14:29:17

sobereva 发表于 2022-3-24 09:36
没你的cube文件我没法判断
压缩后传网盘贴链接我看看

链接：https://pan.baidu.com/s/1_4lVaJfqUyiS8Tq6lrxU0g
提取码：zuqr
里面又加sccs和没加sccs的文件，还有单点的输入输出文件
麻烦sob老师了

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-24 15:41:35

这和Multiwfn里选的绘图范围没关系。我用你的无SCCS的cub文件绘制了密度差，将等值面数值设到很小的0.00003时，能明显看出底下就是有一块电子密度增加区域

我注意到你算Znurea的时候设了UKS，意义不明。求密度差的不同片段计算用的设置应当统一，免得其它效应对密度差产生贡献。

madhatter · 发表于 Post on 2022-3-24 18:25:53

sobereva 发表于 2022-3-24 15:41
这和Multiwfn里选的绘图范围没关系。我用你的无SCCS的cub文件绘制了密度差，将等值面数值设到很小的0.00003 ...

抱歉sob老师，我确认我的文件都是一致的，哪个uks应该是我后来在原文件改后又算的，每次算单点能，我都是把输入文件中的原子删除然后算的，所以文件参数应该没问题。现在的问题是莫名的就是底部存在电子密度增加，我不清楚这个原因是什么，正常来说三四层的金属原子基本不会收到尿素的分子的影响，而且我优化过程一直是固定底层原子的，正常做吸附可能出现底部电子密度增加的现象吗？
目前如果我只设定底层原子到真空距离的平面平均差分密度曲线，舍弃近底层区域，是否可以，因为我只是要只管锌表面的吸附

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-25 08:32:15

madhatter 发表于 2022-3-24 18:25
抱歉sob老师，我确认我的文件都是一致的，哪个uks应该是我后来在原文件改后又算的，每次算单点能，我都是 ...

可以增加Zn板厚度再试

可以

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