IGMH分析结果导入VMD后显示没有相互作用力

wanchunzhiyao

各位老师好，我在参考了sob老师关于IGMH分析的教程后，想对我已有的一个四聚体(内含两个氨鲁米特，两个3，5-二硝基苯甲酸，氨鲁米特与3，5-二硝基苯甲酸1：1形成共晶），进行IGMH分析（把四聚体视为两个对称结构，考察两个结构之间的相互作用力类型），但是在使用最新版本的multiwfn进行IGMH分析后，我按照教程讲对应文件放入VMD文件夹，然而最后VMD显示二者之间并没有相互作用力。但是我用multiwfn输出我分析结果的散点图后，结果显示应该是有相互作用力的。想提问一下，是我操作问题导致VMD显示出现了问题，还是二者间真的没有相互作用力？谢谢。
我得到wfn文件的方法是，将共晶的cif文件放入mercury,找出四聚体结构，之后使用Chem3D将四聚体的cif文件转换为gjf，最后使用Gaussian 09W将gjf转换为wfn文件。
我在multiwfn内导入文件后的输入顺序依次为："20"-"11"-"2"-"1-19,35,40-71"-"c"-"3"-"3"-"-1"-"4"
我已经尝试过在VMD中修改"Graphics"-"Representations"选项下的"Isovalue"数值，但VMD中仍然未有相互作用力显示。

牧生

你是“使用Gaussian 09W将gjf转换为wfn文件”，而不是计算得到wfn文件？？？

wanchunzhiyao

牧生 发表于 2022-3-25 15:17
你是“使用Gaussian 09W将gjf转换为wfn文件”，而不是计算得到wfn文件？？？

那个转换过程不就是高斯在进行计算吗？我就是参考sob老师给的教程，写了out=wfn，然后在最后一行空行写了输出地址~~

sobereva

分子间距离太远，你不改等值面数值的话不可能显示出来等值面。
把等值面数值进一步改小，诸如0.002、0.001再试。
从结构上看，左右分子之间间隔很大，在晶体中不太可能挨着，比较可疑。

不要把“计算”说成“转换”，语义上完全不同。“计算”会产生出新的数据，不同格式/形式的文件或数据间的变换才能叫转换。


不要随便用“作用力”这词，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）
IGMH只体现明显相互作用出现区域和类型，不直接体现相互作用力

wanchunzhiyao

sobereva 发表于 2022-3-25 15:36
分子间距离太远，你不改等值面数值的话不可能显示出来等值面。
把等值面数值进一步改小，诸如0.002、0.001 ...

谢谢老师，您提出的问题我会注意。关于您的回答，我是否可以理解为：左右两个共晶之间距离太远了，二者没有明显的相互作用，因此是我找错了四聚体。因为我在VMD中，甚至将isovalue值从0.01逐步尝试调整到了0.0000001，但左右两共晶之间仍然没有等值面出现。

sobereva

wanchunzhiyao 发表于 2022-3-25 16:11
谢谢老师，您提出的问题我会注意。关于您的回答，我是否可以理解为：左右两个共晶之间距离太远了，二者没 ...

仔细看晶体结构，弄清楚到底是否左右两部分确实是在晶体中挨着的

wanchunzhiyao

sobereva 发表于 2022-3-25 19:32
仔细看晶体结构，弄清楚到底是否左右两部分确实是在晶体中挨着的

好的，谢谢老师。我再看看

Renhc

不含波函数，能用igmh方法吗？

Tonycjlu

Renhc 发表于 2022-3-26 19:32
不含波函数，能用igmh方法吗？

没有波函数不能用IGMH，可以用IGM