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[波函数分析求助] VMD软件显示多个nc-2e轨道的问题

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老师您好,我想把具有相同占有数的nc-2e的结果放到同一个图中显示, 就像下图中显示的这样。我看到了您有个帖子讲的是怎么在VMD中同时显示多个文件的等值面,但是我没有找到您说的那个RDG绘图脚本(您帖子里的原话是这样说的:已提供的那个RDG绘图脚本里的每一行命令都对应于图形界面的一个操作,只要自己弄会了怎么通过手动在图形界面操作来显示填色等值面图,就自然而然明白怎么再显示更多的填色等值面。

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发表于 Post on 2016-3-17 18:55:10 | 只看该作者 Only view this author
对于当前的目的,就用此文3.2节提供的脚本就行了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
RDG和这个一丝关系也没有。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-17 19:52:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-17 18:55
对于当前的目的,就用此文3.2节提供的脚本就行了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
htt ...

谢谢Sob老师的指点。  关于将.cube文件导入到VMD软件中,有的文件导入后,经过设置,会出现既有原子又有化学键的结构图,但是有的文件导入后只出现原子而没有化学键,请问老师这是什么原因造成的呢?

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发表于 Post on 2016-3-17 23:52:41 | 只看该作者 Only view this author
xxx 发表于 2016-3-17 19:52
谢谢Sob老师的指点。  关于将.cube文件导入到VMD软件中,有的文件导入后,经过设置,会出现既有原子又有 ...

没出现键是因为原子间距离太远,没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原子让它们成键,另一种做法是drawing method改成dynamic bond,把判断成键的阈值调大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-18 14:40:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-17 23:52
没出现键是因为原子间距离太远,没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原 ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2017-4-27 11:42:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-17 23:52
没出现键是因为原子间距离太远,没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原 ...

sob老师  请问在VMD中作多中心分析图有手册吗  

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发表于 Post on 2017-4-30 18:54:35 | 只看该作者 Only view this author
secret 发表于 2017-4-27 11:42
sob老师  请问在VMD中作多中心分析图有手册吗

VMD根本就没法做什么多中心分析,这只是可视化程序而已
多中心键讨论方法看
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发表于 Post on 2017-5-2 15:04:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-30 18:54
VMD根本就没法做什么多中心分析,这只是可视化程序而已
多中心键讨论方法看
使用AdNDP方法以及ELF/LOL ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-3-19 18:53:38 | 只看该作者 Only view this author
请问在VMD中同时显示多个文件的等值面的帖子能分享给我吗,谢谢了!

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发表于 Post on 2018-3-19 21:15:44 | 只看该作者 Only view this author
qq1748678958 发表于 2018-3-19 18:53
请问在VMD中同时显示多个文件的等值面的帖子能分享给我吗,谢谢了!

使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

会绘制一个就不可能不会绘制多个。多个cube都拖进去,graphics-representation里对每个ID都以相同的方式设定isosurface显示方式就完了
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发表于 Post on 2018-3-20 09:00:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-19 21:15
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我试了一下这个方法,谢谢了!

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