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[VMD] vmd显示蛋白质问题

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诸位前辈好,小弟最近在研究蛋白质在界面上的吸附问题,在用vmd1.9.3打算对蛋白质采用newcartoon方式显示并根据二级结构着色的过程中,发现如下报错:
File C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\2 has too many atoms in residue TDM 0
Error reading PDB file C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\2
ERROR) Unable to find Stride output file: C:\Users\dell\AppData\Local\Temp\3
ERROR) Stride::read_stride_record: unable to read output file from Stride
ERROR) Call to Stride program failed.


大概是认为我的衬底TDM上原子太多(167个),但是我试了试另外一种衬底I7U的结构(191个原子),一切显示正常,不知问题在何处?
以下是两者pdb文件截图,小弟拜谢。

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发表于 Post on 2022-4-4 11:21:57 | 只看该作者 Only view this author
为什么不直接上传报错的 pdb 文件呢……
截个片段的图根本看不出问题啊……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-30 10:02:46 | 只看该作者 Only view this author
把原子数比较多的残基残基号修改一下就行,例如把原子编号一列覆盖到残基号一列即可

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