处理轨迹后基底在盒子外面

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-19 12:37:30

trjconv

_mpi

-f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact
处理轨迹后基底在盒子外面

我的com_grps = system，不知道是不是质心移除的问题？有什么办法能让体系正常显示？

greatzdk · 发表于 Post on 2016-3-20 22:26:13

trjconv_mpi -f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact -center
试试

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-21 19:01:22

本帖最后由 XYwinne 于 2016-3-21 19:03 编辑

greatzdk 发表于 2016-3-20 22:26
trjconv_mpi -f md80.gro -o md80.pdb -s md80.tpr -pbc mol -ur compact -center
试试

不行，还是有问题。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-3-21 20:06:33

-pbc nojump -center

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-23 15:45:51

greatzdk 发表于 2016-3-21 20:06
-pbc nojump -center

不行，感觉不像是能通过轨迹处理得到正常的盒子，有没有可能是设置质心移除(comm_mode)和参考坐标(refcoord_scaling)的问题？

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