速率常数计算程序MESS安装指南

Elatesan

本人一直在做化学反应动力学相关的研究，因此需要涉及到反应速率常数的计算问题。在跟师兄探讨后，师兄强烈推荐使用MESS进行反应速率常数的计算。然而，在搜索本论坛后，我发现很多人都对MESS的下载和安装存在疑问。在经过一番摸索后，本人成功完成了MESS的安装，因此把安装指南整理为本帖。既是为了给其他入门的同学做一个参考，也是为自己做个整理。在之后MESS使用过程中有新的心得体会，我也会继续更新到本帖中来。
首先声明，本人是在【Linux虚拟机】中安装的MESS，因此不敢保证本帖中的安装方式在应用到服务器安装时依然有效。

【以下为安装流程】

1. 配置虚拟机。请参考sob老师的b站视频：https://www.bilibili.com/video/B ... id_from=333.999.0.0
2. 安装anaconda。anaconda能很方便地新建运行环境，管理各种扩展包。强烈推荐安装好anaconda后再安装MESS。网址为：https://www.anaconda.com
3.MESS下载地址：（1）https://tcg.cse.anl.gov/papr/codes/mess.html （2）https://github.com/Auto-Mech/MESS （github有时需要一些独特的上网方式才能正常连接）这两个网址都可以下载MESS，但在github这个网址上给出了详细的安装方式，因此推荐去（2）号网站读一下readme这个安装指南。4.Github中给出了多种安装方式，但由于网络以及版本问题，直接使用readme中的【Direct Installing Using Conda】安装步骤进行安装，经常会遇到版本不匹配/网络原因导致扩展包下载失败的问题（即使设置了镜像源也不太行，有些扩展包镜像源中也没有）。经过一番尝试，本人推荐使用【Building from source using Conda environment for dependencies】中给出的安装方法。首先，要先下载3.（2）网站中的文件内容，解压后会得到MESS-master文件夹。在打开anaconda，运行控制台后，依次输入：

1. conda env create -f environment.yml

复制代码

1. conda activate mess-env
   
2. bash /自己的解压路径/MESS-master/debug/build.sh

复制代码

1. . /自己的解压路径/MESS-master/debug/fake-install.sh

复制代码

在运行完以上命令行后，MESS便可以正常使用了。但值得注意的是，使用这种方法安装完后，每次重新开机都需要重新运行一下fake-install.sh才可以再次使用MESS。若不想每次都重新运行fake-install.sh的话，可以在anaconda控制台中输入：

1. conda install -c auto-mech mess

复制代码

以安装MESS扩展包。该扩展包一般来说可以正常下载安装，不会因为网络问题被屏蔽。


以上为MESS的安装流程，欢迎各位补充内容，希望对各位刚入门的同学有帮助

594yy

可否请教一下怎么验证已经安装成功？官方算例需要怎么运行呢？

Elatesan

594yy 发表于 2022-10-30 20:58
可否请教一下怎么验证已经安装成功？官方算例需要怎么运行呢？

打开anaconda，加载配置好的环境，之后启动anaconda的控制台，使用mess关键词或者messabs关键词，后面接上自带的算例全路径地址即可

594yy

Elatesan 发表于 2022-10-31 15:17
打开anaconda，加载配置好的环境，之后启动anaconda的控制台，使用mess关键词或者messabs关键词，后面接 ...

十分感谢解答，成功运行了。

CHENCHEN123

594yy 发表于 2022-11-2 23:05
十分感谢解答，成功运行了。

按照上述安装过程，我已经在linux系统下安装mess软件。请问下是如何运行这个算例呢？我输入 mess /我的路径/MESS-master/examples/mess.inp & 显示报错 cannot open shared object file: no such file or directory

XZDZ

您好，我在linux下安装的，但是进行第一步之后（即输入conda env create -f environment.yml），然后就一直是显示：Collecting package metadata (repodate.json):done
Solving environment: \
请问有什么建议和解决办法吗?

jack88

官方已经不推荐了这种安装方式了，最新的代码也移除了yml文件了，参考https://github.com/Auto-Mech/MES ... atic/CONDA_BUILD.md
现在只需在一个全新的conda环境中执行：

1. conda install -c auto-mech mess-static

复制代码

即可完成mess的安装，执行完后mess有了，不需要通过代码编译。
如果你的conda因为网络执行很慢，也可以直接克隆官方的代码，static目录里有官方编译好的二进制文件，同时还包含mpi版本。

LorneMeng

https://github.com/Auto-Mech/MESS 网站上最新打包下载的，移除了environment.yml文件，附上了

LorneMeng

XZDZ 发表于 2024-7-28 09:12
您好，我在linux下安装的，但是进行第一步之后（即输入conda env create -f environment.yml），然后就一直 ...

这个有时候切手机热点试试

TAYHUSTER

（3）里面的包下载不聊了 求助别的方法