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[Gaussian/gview] 找完过渡态跑IRC,曲线方向反了

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请问在找完过渡态去跑IRC的时候发现方向反了,forward方向是断键、远离的方向,reverse的方向成键,这种情况过渡态可以用吗?

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发表于 Post on 2022-4-10 21:17:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-4-10 21:19 编辑

IRC方向的forward和reverse(客观事实),与反应方向(主观看法)无关,可以相同也可以相反,都是同一个过渡态。反应方向乃是研究者主观看法,明天出来个小明同学,他研究 你研究的反应的逆反应,那对小明同学来讲,他就看到跟你相反的过程,但你们找到的是同一个过渡态。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-4-10 21:26:19 | 只看该作者 Only view this author
可以用,因为理论上可以证明正反应和逆反应的IRC严格一致,只是帧的编号顺序相反而已
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-11 04:08:13 | 只看该作者 Only view this author
这里说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

如果明确指定IRC跑的方向,可以用phase关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 08:03:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-10 21:26
可以用,因为理论上可以证明正反应和逆反应的IRC严格一致,只是帧的编号顺序相反而已

谢谢,明白了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 08:06:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-11 04:08
这里说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bbs.keinsci.com/threa ...

谢谢sob老师,明白了;
sob老师,我的IRC曲线趋势是对的,但是产物方向并没有成键(只有个别几帧显示成键了),我可以人为把化学键建立起来直接去结构优化当作是我的产物吗

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发表于 Post on 2022-4-11 08:35:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-4-11 08:37 编辑
xiaobai1 发表于 2022-4-11 08:06
谢谢sob老师,明白了;
sob老师,我的IRC曲线趋势是对的,但是产物方向并没有成键(只有个别几帧显示成 ...

如果产物的坐标是对的,只是有几个键没有显示出来,这就没问题,Gaussview有自己的判断成键标准,有时与实际情况不一致。谈谈原子间是否成键的判断问题 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 10:31:00 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-4-11 08:35
如果产物的坐标是对的,只是有几个键没有显示出来,这就没问题,Gaussview有自己的判断成键标准,有时与 ...

那请问我是要用文中所提的几个表征方法去验证它成键了,如果成键了我再拿IRC中能量稳定的一点去做结构优化吗?我可不可以直接把成键原子拉到一个合适的距离并加上键,然后去做结构优化呢

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发表于 Post on 2022-4-11 10:39:41 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-4-11 10:31
那请问我是要用文中所提的几个表征方法去验证它成键了,如果成键了我再拿IRC中能量稳定的一点去做结构优 ...

我的理解是,首先判断一下IRC的最后一帧(或第一帧)是不是(或者接近)你想要的产物,如果不是,那就是IRC跑到别的路径去了,如果是或者接近,再做优化不迟。IRC最后一帧(或第一帧)不一定是稳定的结构,因为IRC的每一步都是按既定步长走的,不太可能恰好走到稳定的结构,但是如果IRC正确,最后一帧(或第一帧)应该非常接近产物的结构。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 13:39:25 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-4-11 10:39
我的理解是,首先判断一下IRC的最后一帧(或第一帧)是不是(或者接近)你想要的产物,如果不是,那就是I ...

我跑的IRC曲线趋势基本是对的,最后一帧也接近产物结构,我目前是拿其中一帧(未成键)将两个原子缩短了一点距离拉成键去做结构优化了,结果收敛,不知道这样能不能当作我的产物

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发表于 Post on 2022-4-11 14:25:52 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-4-11 13:39
我跑的IRC曲线趋势基本是对的,最后一帧也接近产物结构,我目前是拿其中一帧(未成键)将两个原子缩短了 ...

建议拿最后一帧去优化,当然不排除你这样去优化也得到相同的产物结构。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 14:26:43 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-4-11 14:25
建议拿最后一帧去优化,当然不排除你这样去优化也得到相同的产物结构。

好的,谢谢你了

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