gromacs模拟前，判断阳离子MOF骨架的净正电荷出错

a9471163 · 发表于 Post on 2022-4-12 19:27:19

本帖最后由 a9471163 于 2022-4-12 19:28 编辑

各位老师，请教一个问题，我看这篇nature子刊的MOF单胞是含6个钍（如图1，单胞是CCDC直接下载作者给的，然后MS打开，没做任何改动），文献意思是3个钍能组成一个+1价的cluster（如图2），所以一个单胞里的MOF骨架应该是6除以3=+2价，是个阳离子MOF，然后文献做分子动力学模拟弄了3*3*5=45个单胞，按理说加45*2=90个氯离子中和电荷即可，结果文献很奇怪的一点在于加了180个氯离子中和电荷（图3），想请教一下为什么是180个氯离子，这nature子刊加反离子的数量该怎么理解呢，文献名字是A mesoporous cationic thorium-organic framework that rapidly traps anionic persistent organic pollutants。作者给的MOF的CIF我上传了

1569612.cif (2.16 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

buliop · 发表于 Post on 2022-8-24 06:04:59

你需要看si里面的figure19，里面有画用于最小不可重复单元和建好的模型，实际上每一层不是3*3=9而是3*6=18，有可能是最小不可重复单元不等于用于重复的unit cell。

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[GROMACS] gromacs模拟前，判断阳离子MOF骨架的净正电荷出错