求助：xyz文件怎么转换成bond文件

LLYYTT · 发表于 Post on 2022-4-14 16:11:15

用cp2k会生成xyz轨迹文件，用vasp生成的XDATCAR也可以转换成xyz文件，请问怎么将xyz文件转换成lammps的bond文件然后进行相关分析呢？

LLYYTT · 发表于 Post on 2022-4-14 19:23:36

其实我用一个脚本转成功过，但最后H原子总是无法与其他原子连成键，H-H键也无法形成，统计出来总是单个的H，并且转成的bond文件与lammps本身生成的bong文件也不一样，第一个图就是lammps本身的文件，第二个是xyz转出来的，请问这可能是什么原因？

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[CP2K] 求助：xyz文件怎么转换成bond文件