求助：Ambertools如何将处理后的蛋白质和配体组合在一起？

阿志 · 发表于 Post on 2022-4-15 09:59:10

我将分子对接后的复合物准备进行MD模拟，先将复合物文件拆成受体和配体两部分，分别对受体和配体进行处理，之后将处理后的受体和配体再次组合起来（有教程显示直接将配体文件复制粘贴到受体文件后即可），组成com.pdb文件，使用tleap进行处理，命令如下。完成之后，最后生成的 com.prmtop 中的原子数不等于受体.prmtop 和配体.prmtop 文件的原子数之后。请问我应该如何操作将受体和配体组合起来？

sylar · 发表于 Post on 2022-4-15 11:04:40

我在CSDN发过教程，不知道你看到的是不是我写的，你看一下名字和我是不是类似，你的tleap和我写的不一样，按照教程走不通吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-15 12:00:05

图中的操作只保存了rec.prmtop和com.prmtop没有保存lig.prmtop

阿志 · 发表于 Post on 2022-4-15 15:31:31

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-15 12:00
图中的操作只保存了rec.prmtop和com.prmtop没有保存lig.prmtop

在之前处理小分子的时候已经产生了lig.prmtop，主要是后续操作有问题

阿志 · 发表于 Post on 2022-4-15 19:31:05

sylar 发表于 2022-4-15 11:04
我在CSDN发过教程，不知道你看到的是不是我写的，你看一下名字和我是不是类似，你的tleap和我写的不一样， ...

见过，如果您是 Jsylar 的话，我最开始就是按照您的方法进行的，可以顺利进行下去，十分感谢您的分享。但是因为后续需要进行mmpbsa模块，所以我把您的步骤稍微改了一下，mmpbsa需要复合物的原子数=受体原子数+配体原子数，需要受体、配体、复合物和复合物加水的prmtop文件，再次检查发现复合物原子数不等于受体原子数+配体原子数，目前在寻找错误的地方，感觉在组合这块可能出问题了，

sylar · 发表于 Post on 2022-4-16 10:43:39

本帖最后由 sylar 于 2022-4-16 10:47 编辑

prmtop文件的拆分我一直使用以下文档中的方法，印象中当时按照官方教程走不通，也没深究原因，你试试行不行。注意里面我去掉了水，你得按照你的需要修改，命令还是比较好理解的

阿志 · 发表于 Post on 2022-4-16 16:00:58

sylar 发表于 2022-4-16 10:43
prmtop文件的拆分我一直使用以下文档中的方法，印象中当时按照官方教程走不通，也没深究原因，你试试行不行 ...

好的，我先去试试，谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助：Ambertools如何将处理后的蛋白质和配体组合在一起？

浏览过的版块