GROMACS计算RMSF和RMSD时的参考结构是什么？

xuxu · 发表于 Post on 2022-4-16 10:21:13

请问下各位，GROMACS计算RMSF和RMSD时的参考结构是什么？是整条轨迹的平均结构吗？蟹蟹

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-16 11:20:28

-s选择的文件中的结构

xuxu · 发表于 Post on 2022-4-16 11:52:09

感谢回复，但是我选择-nofit后，-s 用不同的pdb测试发现计算的RMSF结果是一样的呀

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-16 11:57:29

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-16 11:59 编辑

xuxu 发表于 2022-4-16 11:52
感谢回复，但是我选择-nofit后，-s 用不同的pdb测试发现计算的RMSF结果是一样的呀

rmsf是轨迹中每个原子坐标的标准差，只与轨迹中原子的运动有关，-s的文件只用来做fit，选择nofit之后就无关了。

xuxu · 发表于 Post on 2022-4-16 22:54:54

本帖最后由 xuxu 于 2022-4-16 22:56 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-16 11:57
rmsf是轨迹中每个原子坐标的标准差，只与轨迹中原子的运动有关，-s的文件只用来做fit，选择nofit之后就无 ...

是，我知道-s与rmsf计算时的参考结构（计算标准差时的那个标准）无关，因此，我的问题是参考结构到底指的是什么？是整条轨迹的平均结构吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-17 01:23:09

xuxu 发表于 2022-4-16 22:54
是，我知道-s与rmsf计算时的参考结构（计算标准差时的那个标准）无关，因此，我的问题是参考结构到底指的 ...

是平均结构，标准差的定义就是每个数据和平均值做差然后取平均再开方

xuxu · 发表于 Post on 2022-4-17 09:19:41

非常感谢

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