Amber中CPPTRAJ中氢键分析相关问题求助

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-17 00:10:42

https://amberhub.chpc.utah.edu/h ... d-a-small-molecule/

以上是Amber官方氢键分析教程

给出的例子中

parm vph.prmtop
trajin vph.nc 1 last 1
hbond contacts :1-154 avgout avg.dat series uuseries hbond.gnu nointramol
go
lifetime contacts[solutehb] out contacts-lifetime.dat
go

请问各位，命令行中载入轨迹的“1 last 1”是什么意义呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-17 01:13:19

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-17 11:16 编辑

读取范围是轨迹的第一帧到最后一帧，每隔一帧读取一次，上述写法就是读取整个轨迹。
如果写 1 100 10，就会读取轨迹中的10帧，如果什么都不写则是读取完整的轨迹。
类似gromacs中的-b-e-dt的用法，不过amber用的是帧数，gromacs用的是时间。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-17 12:28:48

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 01:13
读取范围是轨迹的第一帧到最后一帧，每隔一帧读取一次，上述写法就是读取整个轨迹。
如果写 1 100 10，就 ...

感谢，明白了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] Amber中CPPTRAJ中氢键分析相关问题求助

浏览过的版块