求助：amber安装

YMHXY

最近在ubuntu20上安装amber18
在csdn上看到了一些amber的安装教程，都遇到了些许问题，主要是gcc和gfortran的一些版本问题


在查询相关资料后，看到了sob老师的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-311-1-1.html

其中ifort,icc 和 OpenMPI版本都较为老旧


本人对于linux缺乏相关基础


不知使用新版本的相关软件进行安装，是否可行，谢谢各位老师

sobereva

北京科音分子动力学与GROMACS培训班我给学员发的程序安装方法的文档里的一部分如下，针对CentOS 7.x的情况，安装过程应网络畅通。对ubuntu在一定程度上可以参考

将“相关程序”里的AmberTools18.tar.bz2解压到/sob下。
运行yum install libXt-devel libXext-devel libX11-devel libICE-devel libSM-devel
在~/.bashrc末尾加上export AMBERHOME=/sob/amber18，之后重新进入终端。
在amber18目录下运行./configure --skip-python gnu。程序会自动检测补丁包，发现有补丁包，输入y自动下载安装（如果中途失败，就再次运行./configure --skip-python gnu。如果总是失败，干脆输入n不下载安装补丁包）。
在~/.bashrc末尾加上source /sob/amber18/amber.sh，之后重新进入终端。
在amber18目录下运行make install。
经过20分钟左右编译完毕，输入antechamber命令看是否能启动，能冒出一堆信息来就对了。之后把AmberTools的压缩包删掉。
注：有人问编译完成后屏幕上显示“/sob/amber18/src/Makefile not found...”怎么解决，这根本不是报错，完全不用管。


如果你编译AmberTools过程没遇到问题，而在编译AMBER时遇到问题，应当写清楚报错提示，否则没人能帮你。

YMHXY

sobereva 发表于 2022-4-19 21:16
北京科音分子动力学与GROMACS培训班我给学员发的程序安装方法的文档里的一部分如下，针对CentOS 7.x的情况 ...

好的，谢谢老师！
在安装gpu并行版本时，编译和安装cuda时，一切正场，编译mpi时正常，安装时出现如下报错

CXX NetcdfFile.cpp
In file included from NetcdfFile.cpp:8:
ParallelNetcdf.h:13:13: fatal error: pnetcdf.h: 没有那个文件或目录
   13 | #   include <pnetcdf.h>
      |             ^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make[4]: *** [../config.h:48：NetcdfFile.o] 错误 1
make[4]: 离开目录“/home/shp/amber20_src/AmberTools/src/cpptraj/src”
make[3]: *** [Makefile:10：install] 错误 2
make[3]: 离开目录“/home/shp/amber20_src/AmberTools/src/cpptraj”
make[2]: *** [Makefile:531：build_cpptraj] 错误 2
make[2]: 离开目录“/home/shp/amber20_src/AmberTools/src”
make[1]: *** [Makefile:268：parallel] 错误 2
make[1]: 离开目录“/home/shp/amber20_src/AmberTools/src”
make: *** [Makefile:20：ambertools] 错误 2


我的配置是双路e5 加 一张1080 请问我还有必要继续编译mpi吗

sobereva

YMHXY 发表于 2022-4-21 11:16
好的，谢谢老师！
在安装gpu并行版本时，编译和安装cuda时，一切正场，编译mpi时正常，安装时出现如下报 ...

编译AMBER之前，AmberTools源代码包解压并且编译好了没？
解压AmberTools源代码包后，pnetcdf.h就在amber20_src\AmberTools\src\pnetcdf\src\lib里面，安装流程正确的话没理由找不到

YMHXY

sobereva 发表于 2022-4-22 01:25
编译AMBER之前，AmberTools源代码包解压并且编译好了没？
解压AmberTools源代码包后，pnetcdf.h就在ambe ...

谢谢老师，我仔细检查了一下，该文件是存在的，但仍出现上述报错，
该文件的路径为/home/shp/AmberTools21/amber20_src/AmberTools/src/pnetcdf/src/lib
请问有何较好的解决方案吗

我的编译指令是./configure -cuda -mpi gnu

完成之后如下：

W A R N I N G
* This 'configure' script method for installing AmberTools/Amber is being
* deprecated and will likely be removed from future releases.
* Users are encouraged to use the new 'cmake' build system instead;
* see the $AMBERHOME/build/run_cmake script.
* For more information, please refer to chapter 2.2, 'The CMAKE Build System'
* in the Amber manual, as well as:
* https://ambermd.org/pmwiki/index.php/Main/CMake
* Please send any questions or comments to the Amber mailing list:
* https://lists.ambermd.org
******************************************************************************
The next step is to source the amber.sh or amber.csh file
  (if needed, see above), and then to type 'make install'

Cleaning the src directories. This may take a few moments.
Configure complete.


make install出现上述报错


我的cuda版本是11.0，openmpi是4.1.1

sobereva

YMHXY 发表于 2022-4-25 22:13
谢谢老师，我仔细检查了一下，该文件是存在的，但仍出现上述报错，
该文件的路径为/home/shp/AmberTools ...

这种事远程不好说清楚
我只能建议别搞成/home/shp/AmberTools21/amber20_src/AmberTools/src这么复杂的路径，应当弄成比如/home/shp/Amber20/AmberTools/src。路径越（无意义地）复杂，输错的可能性越大
AmberTools手册里本身就带了对应最新版本的编译教程（虽然有些步骤必须随机应变根据实际情况调整），搞清楚每一步的含义，一点点尝试

abdoman

你看看amber说明书关于安装的部分再动手。
1. serial 版本安装好了吗？
2. serial安装好后，再安装mpi版本
3. 最后再安装cuda版本。

abin

https://gitee.com/link?target=ht ... e0h8nq%3fpwd%3daknc
链接应该工作的。

自己动手下载吧。

如果机器可以安装singularity ，那也下载即用。

YMHXY

abin 发表于 2022-4-26 09:45
https://gitee.com/link?target=https%3a%2f%2fpan.baidu.com%2fs%2f1r7pduyxqjn3kps-ie0h8nq%3fpwd%3daknc ...

抱歉，链接已经失效了，想问下链接内容是啥呢，谢谢！

abin

YMHXY 发表于 2022-4-26 09:54
抱歉，链接已经失效了，想问下链接内容是啥呢，谢谢！

不是连接失效了.
是国内站点对于连接的跳转实在太恶心了, 会在中间加东西.

https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc

你稍微能动点手的话, 我签名连接中就有这个连接的.

都告诉你下载即用了, 你还问我里面是啥? 自己看看吧.