不同空间构象的差异小分子如何align structure

vandenberg · 发表于 Post on 2022-4-21 08:41:44

各位老师，末端结构有细微差异，同时空间构象不同一般用什么软件align结构呢？
不是superimpose，是最终形成相似的空间结构。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-4-21 12:30:55

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-4-21 12:33 编辑

就通常的RMSD就可以，例如VMD里的RMSD Calculator就支持比较两个分子中的部分原子，你可以设定比较范围（该范围内原子需一一对应，范围外没有要求），剩下的原子会附带被旋转。作为练手，我自己也写过https://gitlab.com/jxzou/rmsd

dantevinsky · 发表于 Post on 2022-4-22 09:03:35

顶楼上zou大佬的说法，我在这里还给一篇Gaussian引用的文献，仅供参考：10.1007/BF00527679

vandenberg · 发表于 Post on 2022-5-8 09:41:02

谢谢

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[分子对接] 不同空间构象的差异小分子如何align structure

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