已解决：amber14处理非标准氨基酸残基出现报错

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-22 19:52:48

本帖最后由 fuchg 于 2022-4-25 09:46 编辑

各位老师，在我的体系中有MSE（SelenoMethionine）和SEP（PhosphoSerine）这两个非标准氨基酸残基，我按照教程中的方法准备对这两个非标准氨基酸进行处理（教程链接如下：http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm），但是在第一步时却出现如下错误：

我的输入命令如下：

请问各位老师，这种情况是什么原因引起的呢？该如何解决呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-22 21:23:34

我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在window系统下编辑过，文本文件格式和Linux系统下不太一样，所以读取的时候出错。
用以下命令转换以下可能可以解决问题：

dos2unix MSE.cif

复制代码

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-22 21:23:45

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-22 21:27 编辑

（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在window系统下编辑过，文本文件格式和Linux系统下不太一样，所以读取的时候出错。
用以下命令转换以下可能可以解决问题：

dos2unix MSE.cif

复制代码

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-22 21:27:41

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-22 21:23
（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在w ...

好哒，我试一下，谢谢

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-22 21:28:45

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-22 21:23
（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在w ...

解决啦，谢谢大佬

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 已解决：amber14处理非标准氨基酸残基出现报错

浏览过的版块