请问如何把lammps文件转换为pdb文件

jasonmayday · 发表于 Post on 2022-4-25 08:45:38

本帖最后由 jasonmayday 于 2022-4-25 08:55 编辑

本人新手，想用机器学习分析lammps轨迹，我手中有小组其他人的 lammps 模拟数据，包括data，input 和 lammpstrj。体系都是小分子，没有氨基酸和链。
现在打算用 mdtraj 模块 load 命令加载 lammpstrj 文件先，但是它说：
The lammpstrj format does not contain topology information. Pass in either the path to a pdb file, a trajectory, or a topology to supply this information.
所以我打算生成每次模拟对应pdb文件。。

之前有人说可以使用VMD转换，但丢失了很多信息，原子的元素信息也丢失了，
然后尝试使用dump文件经由VESTA转换，也丢失了分子的信息。。。
我想看是否能转换lammps的data文件，得到有residue和bonds信息、且原子名称正确的pdb或者gro文件。
求各位大神指点，应该怎么操作，

tuzhidingdong · 发表于 Post on 2022-4-25 10:20:48

用OVITO 导出XYZ，然后用VMD或MDAnalysis之类的软件包重新写为pdb

jasonmayday · 发表于 Post on 2022-4-25 11:11:41

tuzhidingdong 发表于 2022-4-25 10:20
用OVITO 导出XYZ，然后用VMD或MDAnalysis之类的软件包重新写为pdb

麻烦请问下细节，OVITO 是把什么文件导出为XYZ的？

tuzhidingdong · 发表于 Post on 2022-4-25 12:18:16

jasonmayday 发表于 2022-4-25 11:11
麻烦请问下细节，OVITO 是把什么文件导出为XYZ的？

DUMP文件

喵喵喵# · 发表于 Post on 2024-7-10 14:43:01

我刚试了一下，vmd虽然能转pdb文件，但是只有1kb，根本用不了。最后我用的是ATOMSK转换的，还挺好用的

abonentendeur · 发表于 Post on 2024-8-1 20:27:41

喵喵喵# 发表于 2024-7-10 14:43
我刚试了一下，vmd虽然能转pdb文件，但是只有1kb，根本用不了。最后我用的是ATOMSK转换的，还挺好用的

您好请问您是通过data文件在atomsk中转换成的pdb文件吗？请问您是如何操作的，在官网的教程中了解到有xyz文件与lmp和cfg的相互转化，尝试转换为pdb文件的过程会报错“unable to read the number of atoms”

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