请问如何分别获得体系特定分子密度在x，y，z方向上的分布？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-4-25 11:03:12

请问各位老师，gromacs中有命令能分析体系特定分子的密度分别在下x，y，z方向上的变化?

如下图所示是某篇文献中分别分析了PMMA和CO2密度在xyz方向上的变化。

还是说我应当编写VMD脚本，比如将盒子x方向上的边长10000等分，每个区间内返回选定的原子数目乘上它们的原子质量，再除以这个小区间的盒子体积，由此得到密度，将它们连在一起最终绘制成相应曲线？

另外还有一个问题，如果这个等分的区间过小会不会出现某个原子刚好无法被选中的情况？

感谢各位老师指教

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-4-25 12:47:50

gmx density即可实现

丁越 · 发表于 Post on 2022-4-25 13:31:21

你多虑了，取样区间划分成a<=x<b 不就行了，另外注意区间数目，要能把最后一帧的点也包含进去

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-4-25 14:07:30

谢谢各位老师解答

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[GROMACS] 请问如何分别获得体系特定分子密度在x，y，z方向上的分布？

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