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楼主 Author: chaochao
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[GROMACS] 求助ligpargen识别ms建模的pdb文件报错

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发表于 Post on 2022-12-30 20:49:36 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2022-12-30 18:44
现在想建立油水岩石三相模型,若想用gromacs模拟的话,能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢

http://sobereva.com/soft/Sobtop

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发表于 Post on 2023-2-10 09:19:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场,显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数 ...

老师,你好 ,新手小白,想问一下,这些专门的力场文件在哪找

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发表于 Post on 2023-2-10 23:54:57 | 只看该作者 Only view this author
gromacs666 发表于 2023-2-10 09:19
老师,你好 ,新手小白,想问一下,这些专门的力场文件在哪找

搜相关体系计算的文献,都会说明参数的出处。自己把参数写进拓扑文件就完了
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