已解决：amber14处理完非标准氨基酸残基后tleap出现报错

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-25 23:25:58

本帖最后由 fuchg 于 2022-4-28 16:08 编辑

各位老师，我的体系中有一个非标准氨基酸残基SEP，现在按照教程的方法进行处理，顺利生成sep.prepin、frcmod1.sep、frcmod2.sep，但是在tleap中却出现如下错误：

下面是我的sep.ac、sep.mc、sep.prepin、frcmod1.sep、frcmod2.sep、leap.in、leap.log文件，请问各位老师这种问题该如何解决呢？、

sep.ac (2.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sep.mc (193 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

sep.prepin (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

frcmod1.sep (2.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

frcmod2.sep (4.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

leap.in (203 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

leap.log (25.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-26 10:29:09

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-26 10:40 编辑

.mc文件可能写错了，主链只指定CA原子，尾部应该是C而不是CB，CB是侧链，需要忽略的原子只指定NH2中的H和COOH中的O和H，如果要去掉磷酸里的H，应该在计算电荷之前去掉，否则可能会影响电荷的计算结果。请重新看一下教程中关于主链文件的说明

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-26 15:37:24

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-26 10:29
.mc文件可能写错了，主链只指定CA原子，尾部应该是C而不是CB，CB是侧链，需要忽略的原子只指定NH2中的H和CO ...

好哒，谢谢，我在重新尝试一下

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-26 18:35:51

fuchg 发表于 2022-4-26 15:37
好哒，谢谢，我在重新尝试一下

另外还要注意电荷量，如果去掉了磷酸上的H，电荷量应该是-2

fuchg · 发表于 Post on 2022-4-28 15:00:13

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-26 18:35
另外还要注意电荷量，如果去掉了磷酸上的H，电荷量应该是-2

好哒，谢谢老师

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