求助水化聚酰胺加热退火后水层几乎消失

hymn · 发表于 Post on 2022-4-27 12:08:13

本帖最后由 hymn 于 2022-4-27 12:10 编辑

我按照文献要求给模型加了23%的水后进行了加热退火处理（298.5-368.5），加热退火后的水化模型中的水层几乎消失了变得极薄和其他模拟文献中的差距很大

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 12:18:40

mdp本身没明显问题
如果水和聚合物混合了不是你期望的结果，而且也和文献里的不符，检查力场。并且考虑尝试NVT模拟

naoki · 发表于 Post on 2022-4-27 12:58:50

这个聚酰胺是polymatic交联的吗之前记得你问不知道做咋样了

hymn · 发表于 Post on 2022-4-27 13:36:17

naoki 发表于 2022-4-27 12:58
这个聚酰胺是polymatic交联的吗之前记得你问不知道做咋样了

是的，用polymatic做的

现在在加水跑模拟这卡住了

naoki · 发表于 Post on 2022-4-27 20:40:40

hymn 发表于 2022-4-27 13:36
是的，用polymatic做的现在在加水跑模拟这卡住了

加水跑是用lammps在pcff力场下做的吗，pcff对水描述不太好

hymn · 发表于 Post on 2022-4-28 16:24:08

naoki 发表于 2022-4-27 20:40
加水跑是用lammps在pcff力场下做的吗，pcff对水描述不太好

建完模型后转gromacs了用的tip3p的水

naoki · 发表于 Post on 2022-4-28 18:17:11

hymn 发表于 2022-4-28 16:24
建完模型后转gromacs了用的tip3p的水

想了解一下你是怎么将六面周期性边界条件的膜转变为有两个表面的膜呢
还有就是这种交联结构的gromacs拓扑文件是如何获取的呢谢谢

ene · 发表于 Post on 2022-4-28 21:12:22

检查一下体系的朝向，在存在界面的方向上（比如文献那张截图里面的z方向）把压缩率设置成0。这样应该能保证各个层不会被压缩到一块去。

hymn · 发表于 Post on 2022-5-17 09:17:56

naoki 发表于 2022-4-28 18:17
想了解一下你是怎么将六面周期性边界条件的膜转变为有两个表面的膜呢
还有就是这种交联结构的gromacs拓 ...

我使用的是sobtop_1.0(dev3)产生的拓扑文件

hymn · 发表于 Post on 2022-5-17 09:19:58

ene 发表于 2022-4-28 21:12
检查一下体系的朝向，在存在界面的方向上（比如文献那张截图里面的z方向）把压缩率设置成0。这样应该能保证 ...

我在模拟的时候将xy方向的压缩系数设置为0了，我希望我的模拟盒xy长度不变只有z方向改变

Starrymoon · 发表于 Post on 2024-7-10 09:39:43

您好，我也遇到相似的问题，请问您是怎么解决的呢？可以分享一下吗？

cgy · 发表于 Post on 2024-7-10 10:17:28

您好，请问您进行交联前的聚酰胺密度是多少

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