计算的时候，表面周期性模型盒子边上部分原子不见了

lc00

       小弟在用vasp算固体表面吸附的时候，建立了周期性slab模型。表面掺杂了原子，在进行结构优化之后，发现在盒子边上的一些原子不见了。在吸附计算后，盒子边上的一些原子也不见了。不知道出现这种情况，是什么原因？这样计算的结果会不会出现错误呢。

卡开发发

原子数不少的情况没事，可以检查一下，只是显示的问题而已；如果要显示好看点，可能需要对分数坐标做一下平移一下。

lc00

卡开发发 发表于 2016-3-26 18:32
原子数不少的情况没事，可以检查一下，只是显示的问题而已；如果要显示好看点，可能需要对分数坐标做一下平 ...

      原子数没有减少，假如生成一个POSCAR，我看原子总数没有减少。我觉得是结构弛豫造成的晶格稍微移动。那我怎么解释呢。

卡开发发

lc00 发表于 2016-3-26 19:50
原子数没有减少，假如生成一个POSCAR，我看原子总数没有减少。我觉得是结构弛豫造成的晶格稍微移动 ...

也没啥解释的，实在不行就把原子的分数坐标都平移一下就好了，或者平移晶格，这都可以，把结构导出到MS处理一下应该不难。不处理的话也就难看点。

MM萌萌

卡开发发 发表于 2016-3-26 18:32
原子数不少的情况没事，可以检查一下，只是显示的问题而已；如果要显示好看点，可能需要对分数坐标做一下平 ...

您好！我也遇到了类似的问题，请问怎么对分数坐标进行平移呢，能麻烦您教我一下麽

Penson

周期性体系这种情况很正常，原子本来踩在线上的，那可能两条线上都有，其实是同一个原子，可能弛豫后原子全部进入晶胞盒子里面了，于是就造成了你所说的少了原子的情况，其实只是周期性显示问题。
你可以查看一下初始结构，是否显示的所有原子都有对应的坐标？是否会多出一些原子而没有给坐标？

lcq845402558

vesta里面的boundary可以调大，比如调成-0.1 1，晶胞在-0.1-0这部分原子就显示出来了。根据周期性这部分其实是0.9-1这部分平移过来的。没什么实际物理意义，就是看着舒服些。

zevin

lcq845402558 发表于 2020-9-8 16:24
vesta里面的boundary可以调大，比如调成-0.1 1，晶胞在-0.1-0这部分原子就显示出来了。根据周期性这部分其 ...

舒服多了，感谢

ZHJiao

Penson 发表于 2020-9-8 00:40
周期性体系这种情况很正常，原子本来踩在线上的，那可能两条线上都有，其实是同一个原子，可能弛豫后原子全 ...

如果每个原子都有坐标，是否就说明是您提到的周期性结构的显示问题呢？以及，如果原本有坐标的原子，在优化后CONTCAR中显示“00000000·····”的情况，是否说明不是周期性显示的问题，而是就是原子消失了呢？感谢解答，祝您工作顺利！