希望sob老师和大佬们帮我看看MOF计算的图

sysu_chem · 发表于 Post on 2022-4-29 22:03:29

尊敬的sob老师和大佬们，打扰大家了。上传的两个图是关于MOF静电势和Hirshfeld表面的计算（DOI: 10.1021/jacs.9b10923和DOI: 10.1002/anie.202106769）。有两个问题想请教大家一下。

1. 他们所分析的图是不是用量化程序算好后再来分析的呢？我尝试用高斯优化一个MOF簇，但是一直优化失败。是不是意味着我没法用multiwfn了呢？

2. 关于MOF的ESP和Hirshfeld用Multiwfn怎么分析呢？希望sob老师和大佬们尽可能提供一下详细思路，非常感谢。

我是刚入门小白，有些地方可能还没看到，谢谢大家指点。

ChemG · 发表于 Post on 2022-4-29 22:57:35

当然可以用量化软件来做，18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 http://sobereva.com/615。
1. 给的信息太少，报什么错？倒不如把输入输出文件发上来。
2. 静电势：使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示） http://sobereva.com/443
Hirshfeld电荷：看手册相关部分，社长写的极为详细

丁越 · 发表于 Post on 2022-4-29 23:35:32

本帖最后由丁越于 2022-4-29 23:37 编辑

左图看样子是将MOF截断做的簇模型计算静电势，但是存在问题是NPA电荷（上文中所说的NBO电荷），对静电势的重现性很一般，所以不要效仿这篇文章的做法，如果用原子电荷计算静电势看sob老师刚写的博文（http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html）
高斯算MOF挺难整的，所以直接用xTB算个molden文件计算静电势即可。MOF簇截断处要用H原子饱和。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-30 08:06:40

截取MOF单元并用Gaussian做优化（如果有晶体结构，只需要优化氢原子），再用Multiwfn算表面静电势图，没什么难的。下文里还专门给了个MOF单元的计算例子
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

不要光说什么优化失败却不说为什么失败、具体出了什么错，否则没人能准确帮你

Multiwfn直接就支持做Hirshfeld surface分析，看
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

哪里有不懂的再具体问

sysu_chem · 发表于 Post on 2022-4-30 16:43:17

sobereva 发表于 2022-4-30 08:06
截取MOF单元并用Gaussian做优化（如果有晶体结构，只需要优化氢原子），再用Multiwfn算表面静电势图，没什 ...

谢谢社长，请问分析Hirshfeld时也是先用高斯把MOF结构优化一下吗？比如，我直接下载的cif文件，可以直接分析吗。感谢社长解答

sysu_chem · 发表于 Post on 2022-4-30 16:47:04

丁越发表于 2022-4-29 23:35
左图看样子是将MOF截断做的簇模型计算静电势，但是存在问题是NPA电荷（上文中所说的NBO电荷），对静电势的 ...

好，感谢感谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-1 14:32:36

sysu_chem 发表于 2022-4-30 16:43
谢谢社长，请问分析Hirshfeld时也是先用高斯把MOF结构优化一下吗？比如，我直接下载的cif文件，可以直接 ...

看具体分析什么
涉及到波函数的分析，最好先把加的氢优化一下（但加的氢的键长如果大致合理，倒也不是必须的）。
如果是纯粹基于几何结构的分析，诸如Multiwfn做Hirshfeld surface分析，不优化氢也没关系

sysu_chem · 发表于 Post on 2022-5-1 23:49:22

sobereva 发表于 2022-5-1 14:32
看具体分析什么
涉及到波函数的分析，最好先把加的氢优化一下（但加的氢的键长如果大致合理，倒也不是必 ...

谢谢社长解答。还想再多问一下社长，为什么强调H在这里的作用呢？是为了平衡电荷吗？麻烦社长了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-3 11:53:11

sysu_chem 发表于 2022-5-1 23:49
谢谢社长解答。还想再多问一下社长，为什么强调H在这里的作用呢？是为了平衡电荷吗？麻烦社长了

边缘的悬键肯定得饱和上
有的程序加的氢可能键长明显不合理，导致相邻的原子电子结构明显不合理，自然不能不管

sysu_chem · 发表于 Post on 2022-5-3 14:50:56

sobereva 发表于 2022-5-3 11:53
边缘的悬键肯定得饱和上
有的程序加的氢可能键长明显不合理，导致相邻的原子电子结构明显不合理，自然不 ...

明白了社长。非常感谢社长的耐心解答，再次感谢！

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