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[波函数分析求助] 请问sob老师关于分子轨道成分的问题

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楼主
本帖最后由 lastzealot 于 2016-3-29 00:00 编辑

拜读过您的大作http://sobereva.com/131,写的很详细、生动,也学到了很多。今天看了一篇比较老的文献,其中有一部分中把一个分子的每个分子轨道中某几个原子的贡献计算出来了,并且把其各自的主量子数和角量子数也得到了。
在您的这篇文章中提到了如何计算某个原子、片段对于MO、NBO等的贡献值。
请问sob老师,如何获得参与形成分子轨道的每个原子轨道(包括主量子数n和角量子数l)的信息呢?
怕我没有表达清楚,我把那篇文献中的相关部分粘过来了。
谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2016-4-3 13:13:52 | 只看该作者 Only view this author
你就按照文中第四节的做法就行了,可以在Multiwfn中利用Mulliken方法、SCPA方法、NAO方法来得到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 01:41:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 13:13
你就按照文中第四节的做法就行了,可以在Multiwfn中利用Mulliken方法、SCPA方法、NAO方法来得到

谢谢sob老师,您太给力了。

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发表于 Post on 2017-9-2 23:03:42 | 只看该作者 Only view this author
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      Occ. No.      2.0000    2.0000    1.8820
                                               
     1 C1    1s     -0.0035   -0.0052    0.0000
     2 C1    2s     -0.0139   -0.1086    0.0000
     3 C1    2px    -0.4258   -0.2538    0.0000
     4 C1    2py    -0.0077    0.3449    0.0000
     5 C1    2pz     0.0000    0.0000   -0.3795
     6 C2    1s     -0.0035    0.0052    0.0000
     7 C2    2s     -0.0139    0.1086    0.0000
     8 C2    2px     0.0077    0.3449    0.0000
     9 C2    2py     0.4258   -0.2538    0.0000
   10 C2    2pz     0.0000    0.0000   -0.3795
   11 C3    1s     -0.0035    0.0052    0.0000
   12 C3    2s     -0.0139    0.1086    0.0000
   13 C3    2px     0.4258   -0.2538    0.0000
   14 C3    2py     0.0077    0.3449    0.0000
   15 C3    2pz     0.0000    0.0000   -0.3795
   16 C4    1s     -0.0035   -0.0052    0.0000
   17 C4    2s     -0.0139   -0.1086    0.0000
   18 C4    2px    -0.0077    0.3449    0.0000
   19 C4    2py    -0.4258   -0.2538    0.0000
   20 C4    2pz     0.0000    0.0000   -0.3795
   21 H5    1s     -0.0176    0.2271    0.0000
   22 H6    1s     -0.0176   -0.2271    0.0000
   23 H7    1s     -0.0176   -0.2271    0.0000
   24 H8    1s     -0.0176    0.2271    0.0000

sob老师,您好!根据您的博文第3部分最后一段讲的SCPA方法,第5个原子轨道(C1的2pz)在第13个分子轨道中的成分(所占的比重)=(-0.3795)^2/[(-0.3795)^2+(-0.3795)^2+(-0.3795)^2+(-0.3795)^2]*100%,请问您这样理解,对吗?

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发表于 Post on 2017-9-3 00:47:35 | 只看该作者 Only view this author
huangtf 发表于 2017-9-2 23:03
Orbital           11        12        13
      Energy       -0.5786   -0.5403    0.0000
   ...


拿不准的时候用Multiwfn直接一算就知道了
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发表于 Post on 2017-9-3 12:18:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-3 00:47

拿不准的时候用Multiwfn直接一算就知道了

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2017-10-19 23:03:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教您两个问题:

1. 对于Molcas输出的.molden文件(用的ANO-RCC基组),计算成键轨道中各原子轨道的贡献,您也是最建议用NAO方法吗?
2. 对于问题1中的.molden文件,如果用加和SCPA方法得到的基函数的贡献来得到成键轨道中各原子轨道的贡献(进入Multiwfn后选8,再选3),结果一般没什么问题吗?

谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-10-20 08:50:06 | 只看该作者 Only view this author
huangtf 发表于 2017-10-19 23:03
sob老师,请教您两个问题:

1. 对于Molcas输出的.molden文件(用的ANO-RCC基组),计算成键轨道中各原子 ...

1 原则上是这样。
2 没问题,只要没有弥散函数,而且能搞清楚基函数和主要描述的原子轨道对应关系即可。
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发表于 Post on 2017-11-2 14:21:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangtf 于 2017-11-3 16:21 编辑

sob老师,您好!我把Molcas输出的.molden文件(用的ANO-RCC-VDZP基组)导入Molden2AIM;然后在输出的.47文件的$NBO和$END中间添上NAOMO关键词,再导入独立的NBO6.0;最后将产生的输出文件(.out)导入Multiwfn,出现了问题,请问这是因为NBO版本不合适,还是由于操作不对或者其他原因?  谢谢老师!




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发表于 Post on 2017-11-3 16:42:19 | 只看该作者 Only view this author
huangtf 发表于 2017-11-2 14:21
sob老师,您好!我把Molcas输出的.molden文件(用的ANO-RCC-VDZP基组)导入Molden2AIM;然后在输出的.47文 ...

尝试最新的3.4.1版,我这里可以用,这是个例子:

T.47

795.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

T.nbo

217.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-3 21:52:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教您一个问题
安装molcas我查到需要做三步
1. 安装openmpi
2. 安装ga函数库
3. 安装molcas

那么,请问
1. 是不是必须按这个顺序做呢?
2. ga函数库有安装教程吗?我不大会

谢谢老师
麻烦您了

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发表于 Post on 2017-11-4 03:19:06 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-11-3 21:52
sob老师,请教您一个问题
安装molcas我查到需要做三步
1. 安装openmpi

我就用过预编译版,CentOS下直接./install.sh就装上了,其它都没装就能运行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-4 10:28:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-4 03:19
我就用过预编译版,CentOS下直接./install.sh就装上了,其它都没装就能运行

这样可以并行吗

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发表于 Post on 2017-11-4 21:11:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangtf 于 2017-11-4 21:14 编辑
sobereva 发表于 2017-11-3 16:42
尝试最新的3.4.1版,我这里可以用,这是个例子:

Sob老师,我把您的T.out文件导入Multiwfn 3.4.1,发现能用NAO方法进行分子轨道成分分析;然后我将您的T.47文件导入beefly先生的NBO6-Win64生成.out,再将这个.out文件导入Multiwfn 3.4.1,发现也能用NAO方法进行分子轨道成分分析;最后我用beefly先生的NBO6-Win64自带的test.47来生成test.out,再把这个test.out文件导入Multiwfn 3.4.1,又出现同样的错误(Error: Cannot found MOs in NAO basis in the input file, the input file is invalid for this function!)。请问这个test.47有什么问题呢?(我打开这个test.47文件发现到$DENSITY,而您的T.47文件到$DENSITY之后,下面还有$FOCK、$LCAOMO和$DIPOLE。)  谢谢老师!
test.47 (7.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)    test.out (10.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2017-11-9 21:59:04 | 只看该作者 Only view this author
huangtf 发表于 2017-11-4 21:11
Sob老师,我把您的T.out文件导入Multiwfn 3.4.1,发现能用NAO方法进行分子轨道成分分析;然后我将您的T.4 ...

你上传的.47文件内容不够完整,没有LCAOMO信息,因此输出文件里也没有NAOMO信息
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