nvt模拟时报错该如何解决

努力学习 · 发表于 Post on 2022-5-6 19:39:51

各位老师，我在跑烷烃-表面活性剂-水的结构时，先用ms建立了初始结构，然后再用gromacs进行能量最小化和nvt模拟，但是在nvt模拟时出现了下图的错误，我翻译一下是说不平衡的初始结构引起的，那么我是应该从ms着手重新建立结构，还是mdp的参数设置有问题？

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-6 20:19:27

本帖最后由牧生于 2022-5-6 20:20 编辑

“建立初始结构”，是指分子还是盒子？MS建立的盒子，在gromacs里面跑起来会出错
应该首选packmol建立盒子
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

努力学习 · 发表于 Post on 2022-5-6 20:36:23

牧生发表于 2022-5-6 20:19
“建立初始结构”，是指分子还是盒子？MS建立的盒子，在gromacs里面跑起来会出错
应该首选packmol建立盒子 ...

我用别的表面活性剂时并没有出现报错，所以不知道这次出现问题的具体原因是什么

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-8 10:22:38

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[GROMACS] nvt模拟时报错该如何解决