关于ONIOM结合柔性扫描找反应过渡态的三个小问题

MrMr浩 · 发表于 Post on 2022-5-9 00:00:46

1、在找过渡态的时候，力学嵌入/电子嵌入是在扫描过程中一直都要带上呢；还是仅仅在反应始态、终态、过渡态三个位置需要计算，其他扫描过程中不需要呢？
2、Gaussian09手册里边提到，在做结构优化、过渡态优化的时候，往往先做力学嵌入，再做电子嵌入会比较好。实际操作过程中真的是如手册所说的这样么？
3、在High层中，同一个原子设置为不同的原子类型，对结果影响大吗。比如半胱氨酸的S和配体共价结合，在反应终态和始态应该是不同的原子类型，这个该怎么处理呢？
恳请各位老师百忙之中抽出一点时间解答我的问题，谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 12:29:03

1 力学嵌入根本没有带不带之说，不用电子嵌入就是力学嵌入。

2 电子嵌入可能明显提升耗时。能算得动就都考虑电子嵌入。某些情况也可以先用力学嵌入做个预优化再切换成电子嵌入进一步优化

3 这种问题用ONIOM通常都多余，拿簇模型算方便得多
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

MrMr浩 · 发表于 Post on 2022-5-9 16:43:17

sobereva 发表于 2022-5-9 12:29
1 力学嵌入根本没有带不带之说，不用电子嵌入就是力学嵌入。

2 电子嵌入可能明显提升耗时。能算得动就都 ...

那针对第二个问题，如果算的动的话，就可以在柔性扫描的全过程中一直写oniom=(...)=embedcharge是嘛~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:23:56

MrMr浩发表于 2022-5-9 16:43
那针对第二个问题，如果算的动的话，就可以在柔性扫描的全过程中一直写oniom=(...)=embedcharge是嘛~

是

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