optimization和dynamic哪种方式优化后的体系总能量更低？

njustwjy · 发表于 Post on 2022-5-11 17:42:21

我用MS的AC模块构建了共约50个分子的二元体系，然后分别用Optimization和dynamic的nvt系综（100ps）对该初试体系进行能量优化，为什么Optimization后的体系总能量比dynamic还低呢？第一张图为Optimization后的最终结构总能量，为-890kcal/mol。第二张图为Dynamic的最终构型总能量，约为705kcal/mol。以我的理解，optimizaition只是找个能量极小值，不会比dynamic优化后更低，还请各位老师帮忙解答一下我的疑惑，谢谢。

watfros · 发表于 Post on 2022-5-11 17:57:04

不同模块，不同方法，不同基组得到的能量都不能比较

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 18:13:05

根本没有可比性
对MD过程产生的任何一帧都可以在此为基础做优化，最后得到的能量总比一开始低，所以你总有办法通过优化得到比MD中途产生的帧能量更低的结构，具体取决于用的初始结构
上面说的能量假定是指势能。如果MD的能量把动能也算进去了，那显然更没可比性。

顶多说做退火的动力学模拟，其对应0K的帧，势能往往会低于做几何优化得到的，因为退火模拟可以视为全局优化算法（当然也不是每次退火都能保证得到能量最小点），而不像几何优化只能给出离初始结构最近的势能面极小点

njustwjy · 发表于 Post on 2022-5-11 21:18:40

sobereva 发表于 2022-5-11 18:13
根本没有可比性
对MD过程产生的任何一帧都可以在此为基础做优化，最后得到的能量总比一开始低，所以你总有 ...

明白了，谢谢老师。

kmxj2020 · 发表于 Post on 2022-7-13 18:06:33

学习到了

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