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[综合交流] 求助:VMD计算RDF出错

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本帖最后由 小congcong 于 2022-5-12 22:28 编辑

各位社友大家好,我用CP2K跑了一个AIMD,具体就是在MOF盒子里放进去15个分子,跑了平衡后我将轨迹文件导入VMD,想计算一下MOF骨架中的F原子与氢气分子的RDF图,轨迹文件中氢气分子的序号为209到238,我用index 209 to 238去定义的,F原子则用 name F定义,可是最后画出来的RDF图明显是错误,请问是什么原因大农值得应该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2022-5-11 20:06:47 | 只看该作者 Only view this author
说清楚AIMD用什么程序跑的,最好给体系截图。如果是周期性体系,把盒子边框也画出来

Use molecule显然不能是(none)

Graphics - representation里通过把selected atoms设成name F和index 209 to 238,检查是否都能分别绘制出来想要的原子确认选择语句无误
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-12 22:18:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:06
说清楚AIMD用什么程序跑的,最好给体系截图。如果是周期性体系,把盒子边框也画出来

Use molecule显然不 ...

老师,用CP2K跑的,我取第10000帧用VMD打开,显示的是氢气分跑了10个到盒子外面,盒子里只剩5个,或许这就是RDF不正确的呃原因吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-12 22:28:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:06
说清楚AIMD用什么程序跑的,最好给体系截图。如果是周期性体系,把盒子边框也画出来

Use molecule显然不 ...

老师,我把体系图片放上去了,还有一个问题就是,我的体系是一个MOF 的单胞,从CCDC数据库下载的,做了几何优化后,用MS 打开是非常对称和完整的,可是用VMD打开,就变得“残缺”,就是有一些原子到下一周期里了,我尝试在MS 里把display style 中的 default改为original也变得和VMD一样“残缺”了,不知道为什么会这样呢,该怎么解决呢老师,用VMD打开的那个“残缺”的结构实在是太丑陋了。。。
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发表于 Post on 2022-5-14 11:14:31 | 只看该作者 Only view this author
小congcong 发表于 2022-5-12 22:28
老师,我把体系图片放上去了,还有一个问题就是,我的体系是一个MOF 的单胞,从CCDC数据库下载的,做了几 ...

VMD命令行窗口运行pbc wrap -all
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 09:38:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 11:14
VMD命令行窗口运行pbc wrap -all

好的,非常感谢老师。
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