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[CP2K] 求助CP2K使用SCC-DFTB泛函色散参数设置问题

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各位老师,大家好!
学生想用CP2K对CHON元素材料体系进行热分解模拟,对着已有文献的参数进行重复,但是在学习过程中,使用SCC-DFTB泛函时,选择色散方法为D3时,对其所需要的三个参数不甚了解,inp文件如下
&FORCE_EVAL
  &DFT
    &QS
      METHOD DFTB
      &DFTB
        SELF_CONSISTENT    T
        DO_EWALD           T
        DISPERSION         T
        &PARAMETER
          PARAM_FILE_PATH  DFTB/scc
          PARAM_FILE_NAME  scc_parameter
          DISPERSION_TYPE  D3
          DISPERSION_RADIUS           9.3255
          COORDINATION_CUTOFF         1.e-6
          D3_SCALING                  1.0 0.7461 3.209
          DISPERSION_PARAMETER_FILE   dftd3.dat         
        &END PARAMETER
      &END DFTB
    &END QS
    &SCF
      SCF_GUESS ATOMIC
      &MIXING
         METHOD DIRECT_P_MIXING
          ALPHA   0.2
      &END
      MAX_SCF  128
    &END SCF
    &POISSON
      &EWALD
       EWALD_TYPE SPME
       ALPHA 0.35
       GMAX 25
       O_SPLINE 6
      &END EWALD
    &END POISSON
  &END DFT
&SUBSYS
   &CELL
      A     6.54000000     0.00000000     0.00000000
      B     0.00000000    11.05000000     0.00000000
      C    -4.90267663     0.00000000     7.18705516
      PERIODIC XYZ #Direction of applied PBC (geometry aspect)
    &END CELL
    &COORD
      C        1.41527368    0.72488000    5.61812102
      C        0.31137339    9.78588000    6.78961101
      N       -0.81961532   11.04337000    5.08915376
      N        0.40438873   10.76270000    5.72808296
      N        1.70067402    1.33815500    6.91682189
      N        5.68398463    2.23320500    0.21848648
      O       -0.85669858    0.79449500    4.17424164
      O       -1.78610743   10.38037000    5.46000581
      O       -0.57967608    2.72272000    1.30516922
      O       -0.20743465    2.42768500    6.71989658
      H        1.88273582    0.95582500    4.60438689
      H       -0.66714937    9.22851800    6.96727502
      C       -2.22928862    6.24988000    5.16246172
      C       -1.12538833    4.26088000    3.99097173
      N        0.00560038    5.51837000    5.69142898
      N       -1.21840367    5.23770000    5.05249978
      N       -2.51468895    6.86315500    3.86376086
      N       -1.59532294    7.75820500    3.37504110
      O        0.04268365    6.31949500    6.60634111
      O        0.97209249    4.85537000    5.32057694
      O        4.66833776    8.24772000    2.28835836
      O       -0.60658029    7.95268500    4.06068617
      H       -2.69675076    6.48082500    6.17619585
      H       -0.14686556    3.70351800    3.81330773
      C        0.22204969   10.32512000    1.56893414
      C        1.32594998    1.26412000    0.39744415
      N        2.45693869    0.00663000    2.09790140
      N        1.23293464    0.28730000    1.45897220
      N       -0.06335064    9.71184500    0.27023327
      N       -4.04666126    8.81679500    6.96856869
      O        2.49402196   10.25550500    3.01281352
      O        3.42343081    0.66963000    1.72704936
      O        2.21699945    8.32728000    5.88188594
      O        1.84475802    8.62231500    0.46715859
      H       -0.24541245   10.09417500    2.58266827
      H        2.30447275    1.82148200    0.21978015
      C        3.86661199    4.80012000    2.02459344
      C        2.76271170    6.78912000    3.19608343
      N        1.63172299    5.53163000    1.49562618
      N        2.85572704    5.81230000    2.13455538
      N        4.15201233    4.18684500    3.32329431
      N        3.23264632    3.29179500    3.81201406
      O        1.59463973    4.73050500    0.58071406
      O        0.66523088    6.19463000    1.86647823
      O       -3.03101439    2.80228000    4.89869680
      O        2.24390367    3.09731500    3.12636900
      H        4.33407413    4.56917500    1.01085931
      H        1.78418894    7.34648200    3.37374743
    &END COORD
  &END SUBSYS
STRESS_TENSOR ANALYTICAL
&END FORCE_EVAL
&GLOBAL
  PROJECT nmn
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE CELL_OPT
&END GLOBAL
&MOTION
  &CELL_OPT
    MAX_ITER 250 #Maximum number of geometry optimization
    EXTERNAL_PRESSURE 1.01325 #External pressure for cell optimization (bar)
    CONSTRAINT NONE #Can be e.g. Z, XY to fix corresponding cell length
    KEEP_ANGLES F #If T, then cell angles will be kepted
    KEEP_SYMMETRY F #If T, crystal symmetry will be kepted, and symmetry should be specified in &CELL
    TYPE DIRECT_CELL_OPT #Geometry and cell are optimized at the same time. Can also be GEO_OPT, MD
    #The following thresholds of optimization convergence are the default ones
    MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change
    RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change
    MAX_FORCE 4.5E-4 #Maximum force
    RMS_FORCE 3E-4 #RMS force
    PRESSURE_TOLERANCE 100 #Pressure tolerance (w.r.t EXTERNAL_PRESSURE)
    OPTIMIZER BFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or LBFGS
    &BFGS
      TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom
#     RESTART_HESSIAN T #If read initial Hessian, uncomment this line and specify the file in the next line
#     RESTART_FILE_NAME to_be_specified
    &END BFGS
  &END CELL_OPT
  &PRINT
    &RESTART
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file
    &END RESTART
    &RESTART_HISTORY
      &EACH
        CELL_OPT 0 #How often a history .restart file is generated, 0 means never
      &END EACH
    &END RESTART_HISTORY
  &END PRINT
&END MOTION

其中
  &DFTB
        SELF_CONSISTENT    T
        DO_EWALD           T
        DISPERSION         T
        &PARAMETER
          PARAM_FILE_PATH  DFTB/scc
          PARAM_FILE_NAME  scc_parameter
         这是参照官方给的例子,拿来用的;

DISPERSION_TYPE  D3
          DISPERSION_RADIUS           9.3255
          COORDINATION_CUTOFF         1.e-6
          D3_SCALING                  1.0 0.7461 3.209

这个是我根据http://bbs.keinsci.com/thread-11975-1-1.html这个人的问题,有人回复的去写的,尽管不知道这个怎么来的,但是我用了,但是晶胞参数的误差很大在上面提到的网址的问题回复中,他提到了DFTB+的说明书,我仔细阅读了,如图,这个是不同元素的参数设置,但是我真的不理解 D3_SCALING                  1.0 0.7461 3.209这三个数咋来的
请各位老师针对我的脚本,给出一些建议,方便的话,解释一下这个D3色散参数到底怎么来的
谢谢各位老师!学生感激涕零!!!!谢谢!!

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发表于 Post on 2022-5-17 18:16:34 | 只看该作者 Only view this author
建议先尝试用GFN1-xTB模拟,用起来方便得多,如果能跑出来文献中的现象,就没必要再折腾SCC-DFTB了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 18:00:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-17 18:16
建议先尝试用GFN1-xTB模拟,用起来方便得多,如果能跑出来文献中的现象,就没必要再折腾SCC-DFTB了

卢老师,您好,昨天在您给出建议后,我马上开展了工作,首先,我使用了GFN1-xTB,并且使用GAMMA点进行了计算,结果却是b边由11.05变成了9.8多;之后我以为这可能是因为K点的问题,我改变了K点,提升了精度,但是现在不管我怎么调试,均不收敛了。此外,学生在含能材料(CHON)领域并未见到有学者使用GFN1-xTB泛函,希望卢老师能给出建议,学生感激涕零!

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发表于 Post on 2022-5-18 18:36:23 | 只看该作者 Only view this author
黑色桃花 发表于 2022-5-18 11:00
卢老师,您好,昨天在您给出建议后,我马上开展了工作,首先,我使用了GFN1-xTB,并且使用GAMMA点进行了 ...

首先,GFN1-xTB不是泛函,而是半经验方法,不能把半经验方法叫做泛函,只有DFT方法可以叫做泛函。类似地,SCC-DFTB也不是泛函,虽然它名字里有DFT,但它不是DFT方法,DFTB里的T和DFT里的T的全称都不一样。
GFN1-xTB提出的时间比DFTB晚,所以用GFN1-xTB的人比较少也不奇怪。
晶胞常数原来的11.05是实验值还是DFTB的计算值?如果是DFTB的计算值,那是正常的,可能说明DFTB计算结果不准
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-10-9 11:27:58 | 只看该作者 Only view this author
手册57页有公式,你贴的图是附录
man

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