Sobtop 1.0(dev 3.1)发布

mol · 发表于 Post on 2022-10-24 14:36:12

sob老师好，不知sobtop是否可以像Multiwfn一样可以再cmd里通过批处理的方式调用。
在其他目录运行会提示sobtop.ini不在当前文件夹

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-25 00:00:58

mol 发表于 2022-10-24 14:36
sob老师好，不知sobtop是否可以像Multiwfn一样可以再cmd里通过批处理的方式调用。
在其他目录运行会提示so ...

在sobtop目录下做批处理就完了

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-11-30 17:35:12

本帖最后由 GoldenBaby 于 2022-11-30 23:33 编辑

请问sob老师，Sobtop有没有考虑支持这种比较复杂的拓扑文件的产生？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid227005

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-11-30 21:51:21

本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-7 13:07 编辑

社长好，参照二茂铁这篇教程用Sobtop计算了二茂铁硅烷的参数，Si和Fe的原子类型用的UFF，CH用GAFF的，现在能量最小化可以正常跑完，但是做NVT时步长得调到0.0001才能算，同时键的约束=none，温度300K,这里现在只要升温或者改变步长就会报LINCS Warning，没办法使用2fs或者更高温度来跑，这个问题应该怎么解决呢？

是因为DFT计算过程泛函和基组设置不合理么？

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-1 05:24:26

GoldenBaby 发表于 2022-11-30 17:35
请问sob老师，Sobtop有没有考虑支持这种比较复杂的拓扑文件的产生？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mo ...

sobtop主页上本身就有MOF的例子

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-1 05:25:25

社会主义小战士发表于 2022-11-30 21:51
社长好，参照二茂铁这篇教程用Sobtop计算了二茂铁硅烷的参数，Si和Fe的原子类型用的UFF，CH用GAFF的，现在 ...

量化计算级别没显著问题（lanl2DZ最好改为SDD），其它的没细节没法说。可以考虑的做法在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都提了

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-1 09:44:13

sobereva 发表于 2022-12-1 05:24
sobtop主页上本身就有MOF的例子

抱歉，Sob老师我可能没解释清楚。我不是想单独模拟MOF，因为这篇文章讲的是一种由小分子模拟MOF成键过程（或者叫自组装更合适，这里面的键相对没有共价键那么强，可以理解为分子间相互作用），好像文中利用了虚拟点的概念（原文中表述为the cationic dummy atom method)，请问这种情况能用Sobtop直接产生拓扑文件吗？望不吝赐教。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-1 09:51:40

GoldenBaby 发表于 2022-12-1 09:44
抱歉，Sob老师我可能没解释清楚。我不是想单独模拟MOF，因为这篇文章讲的是一种由小分子模拟MOF成键过程 ...

用sobtop照常产生小分子的拓扑文件
如果虚拟点是必须的，自己手动改sobtop产生的拓扑文件加上虚拟点

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-12-1 12:59:37

本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-10 23:31 编辑

sobereva 发表于 2022-12-1 05:25
量化计算级别没显著问题（lanl2DZ最好改为SDD），其它的没细节没法说。可以考虑的做法在http://sobereva. ...

感谢社长的回复！！！

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-2 02:44:32

社会主义小战士发表于 2022-12-1 12:59
感谢社长的回复！！！
又用Sobtop做了一个力场参数，结果可以跑！（4 使用内置的键参数，缺失项猜）
...

没细节没法判断
至少自行检查一下相应的力场参数是否在合理范围内

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-2 09:49:44

sobereva 发表于 2022-12-1 09:51
用sobtop照常产生小分子的拓扑文件
如果虚拟点是必须的，自己手动改sobtop产生的拓扑文件加上虚拟点

好的，感谢sob老师的回复。还有一个小问题，那个原帖里提到的gromacs中的table势，请问这个能直接用Sobtop产生吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-3 01:48:15

GoldenBaby 发表于 2022-12-2 09:49
好的，感谢sob老师的回复。还有一个小问题，那个原帖里提到的gromacs中的table势，请问这个能直接用Sobto ...

不能

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-12-3 09:59:27

sobereva 发表于 2022-12-3 01:48
不能

好的，感谢sob老师的解答

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-12-3 13:29:40

本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-10 23:32 编辑

sobereva 发表于 2022-12-2 02:44
没细节没法判断
至少自行检查一下相应的力场参数是否在合理范围内

谢谢社长！！！

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-4 01:02:21

社会主义小战士发表于 2022-12-3 13:29
谢谢社长！！！
TEST.itp（4 使用内置的键参数，缺失项猜）
MOL.itp（完全基 ...

那叫Hessian矩阵，非要说成中文也是海森，哪来的嗨森，没什么可嗨的

连具体的量化程序的输入文件、fch文件、给sobtop的mol2文件全都没有，什么结构都不知道，连接关系也无从检查，根本没法说
自行检查算出来的力常数的数量级，根据常识判断合理性，不合理的就不用

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