Sobtop 1.0(dev 3.1)发布

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-12-4 17:01:51

本帖最后由社会主义小战士于 2022-12-5 18:16 编辑

sobereva 发表于 2022-12-4 01:02
那叫Hessian矩阵，非要说成中文也是海森，哪来的嗨森，没什么可嗨的

连具体的量化程序的输入文件、fch ...

谢谢社长！！！

Kalinite · 发表于 Post on 2023-1-24 03:43:56

请问sob老师，sobtop产生的刚性二面角参数，如果想将之用于Amber，用Fourier级数在(-pi+theta_0,pi+theta_0)上展开谐振势，这样可行吗？主要是分子里的那个二面角几乎就是不能旋转的，既不能用Antechamber+parmchk2，又不太方便做扫描。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-24 07:27:00

Kalinite 发表于 2023-1-24 03:43
请问sob老师，sobtop产生的刚性二面角参数，如果想将之用于Amber，用Fourier级数在(-pi+theta_0,pi+theta_0 ...

amber我很长时间不用了，细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角？至于用Fourier级数展开，只要二面角实际运动的范围是Fourier级数曲线与谐振势曲线重合程度比较好的地方，那也可以

Kalinite · 发表于 Post on 2023-1-25 00:52:34

sobereva 发表于 2023-1-24 07:27
amber我很长时间不用了，细节记不清。Amber里为什么不也用improper之类谐振势的二面角？至于用Fourier级 ...

amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数，或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果，没法用谐振势

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-1-25 01:31:31

Kalinite 发表于 2023-1-25 00:52
amber貌似只支持普通周期形式的二面角参数，或者通过多项组合达到类似于Fourier级数的效果，没法用谐振势

不可能的，Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室，照着改就好了

Kalinite · 发表于 Post on 2023-1-25 02:54:01

喵星大佬发表于 2023-1-25 01:31
不可能的，Antechamber生成小分子的GAFF力场拓扑文件的时候芳香原子上就用的偕振室，照着改就好了

antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
这是我对一个苯分子产生的.frcmod，其中二面角部分如下：
DIHE
ca-ca-ca-ca 4 14.500    180.000          2.000
ca-ca-ca-ha 4 14.500    180.000          2.000
ha-ca-ca-ha 4 14.500    180.000          2.000
按照amber官网给出的文件格式，这里使用的应该是周期性形式，即： (PK/IDIVF) * (1 + cos(PN*phi - PHASE)) (http://ambermd.org/FileFormats.php)
官网和手册上都没提到二面角有谐振形式，应当怎么定义呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-25 09:03:38

Kalinite 发表于 2023-1-25 02:54
antechamber -i ph.pdb -fi pdb -o ph.mol2 -fo mol2
parmchk2 -i ph.mol2 -f mol2 -o ph.frcmod -a y
...

你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop，然后看里面怎么写的

Kalinite · 发表于 Post on 2023-1-26 03:00:28

sobereva 发表于 2023-1-25 09:03
你可以用parmED或acpype把sobtop产生的带谐振势的二面角的拓扑文件转成prmtop，然后看里面怎么写的

明白了，这些Amber FileFormats上都没写，谢谢老师！

huangjin · 发表于 Post on 2023-3-9 21:02:59

请教一个问题，使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-11 23:03:12

huangjin 发表于 2023-3-9 21:02
请教一个问题，使用sobtop生成的gro文件是否可以作为结构优化后的分子进行RESP电荷计算？

sobtop自身并不会优化结构

FLFL · 发表于 Post on 2023-7-13 18:05:15

请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-13 19:22:16

FLFL 发表于 2023-7-13 18:05
请问老师使用sobtop怎么在论文中引用呢

sobtop主页上明确说了

lujiahao · 发表于 Post on 2023-8-15 15:10:02

请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的时候又没有问题，请问是体系太大了的原因吗？MOL2文件中已经采用MOE计算了opls-aa力场下的电荷。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-15 15:59:02

lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的 ...

完全没有必要建立这么大的模型来生成拓扑文件，用单分子就行。gromacs的top文件里面写个分子数就行。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-16 07:35:20

lujiahao 发表于 2023-8-15 15:10
请问一下老师，在采用sobtop构建18个重复单元共计3960个原子体系的top文件的时候，总是闪退，但是gro文件的 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ明确说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

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