已解决：醋酸根多肽拓扑文件如何构建

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-24 11:37:26

本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-31 16:21 编辑

各位老师好，我要做一个含有醋酸根配体的多肽，这个用pdb2gmx应该是没有办法直接构建的，gmx会直接报错，请问这种多肽如何构建拓扑文件呢？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 05:47:41

修改rtp文件，在里面加一个DLE的非标准残基的字段（搞清楚rtp里字段的定义，手写不费劲），之后pdb2gmx就能处理当前小肽

DLE残基的原子电荷可以按照下文的例子用Multiwfn算RESP电荷，然后填进rtp的[ DLE ]的定义里
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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