求助MD模拟报错，小分子的结构形变严重

yolo-blossom

在做完NVT和NPT以后没有出现任何问题警告  

进行最后的MD模拟时 出现以下报错，并且生成step开头的pdb文件，打开文件发现小分子的结构形变严重


希望得到各位老师指导
step 71000, remaining wall clock time:    17 s          vol 0.79  imb F  8%
Step 71100, time 142.2 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 168.096252, max 4226.180176 (between atoms 4730 and 4740)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length

Step 71100, time 142.2 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 111.253860, max 4226.180176 (between atoms 4730 and 4740)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   1717   1706   37.4    0.1082   0.0669      0.1082
   4730   4740  138.5    0.1097 463.6794      0.1097
   4730   4734   54.6    0.1538   0.1610      0.1538
   4730   4741   62.3    0.1097   0.1356      0.1097
   1710   1723   90.0    0.1097   0.6308      0.1097
   1710   1723   90.0    0.1097   0.6308      0.1097
   1702   1710   90.0    0.1463   0.5885      0.1463
   1724   1710   84.5    0.1097 460.3161      0.1097
   1702   1706   90.0    0.1380   0.1427      0.1380
   1725   1710   90.0    0.1097   0.5986      0.1097
   1702   1708   90.0    0.1380   0.1739      0.1380
   1706   1702   90.0    0.1380   0.1427      0.1380
   1706   1717   37.4    0.1082   0.0669      0.1082
   1708   1702   90.0    0.1380   0.1739      0.1380
   1710   1724   84.5    0.1097 460.3161      0.1097
   1710   1702   90.0    0.1463   0.5885      0.1463
   1710   1725   90.0    0.1097   0.5986      0.1097
   4729   4730   55.2    0.1538   0.1633      0.1538
   4734   4730   54.6    0.1538   0.1610      0.1538
   4729   4730   55.2    0.1538   0.1633      0.1538
   4730   4740  138.5    0.1097 463.6794      0.1097
   4741   4730   62.3    0.1097   0.1356      0.1097
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates


Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 5 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

wyfgg

我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

confidence

wyfgg 发表于 2022-5-26 12:28
我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

您好，我这边的话是在npt刚运行就出现了这个报错，npt从1ns改为0.5ns不行，步长改为0.5fs也不行。请问您知道还可以怎么解决么？

sobereva

仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

yolo-blossom

wyfgg 发表于 2022-5-26 12:28
我和你的报错比较相似，也是MD中途报错，我预运行了0.5ns的MD，之后就正常了

好的  谢谢 我试试

yolo-blossom

sobereva 发表于 2022-5-26 20:31
仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师 我仔细看一下这个