求助关于离子和溶剂分子结合能的计算

Fencros7y

sobereva 发表于 2022-5-30 05:44
一方面，如14L所说，需要考虑配位的溶剂，另一方面，Gaussian里的SMD有个别时候就是会导致结构理应有的高 ...

感谢sob老师的回复。
如老师们建议的我用了PCM去算了一下乙腈和CF3SO3-的结合能，结果1个乙腈和1个CF3SO3-的计算能正常结束，但4个乙腈和1个CF3SO3-的计算出现了报错：Error termination request processed by link 9999. Error termination via Lnk1e in /home/haorui/g09/l9999.exe，看了您那个博文之后我查看了optimization发现出现了震荡。由于这个是弱相互作用体系，我想着应该用opt=GDIIS试试，那么我是不是应该取震荡之后的文件生成一个gjf去算，还是用原来的gjf换为opt=GDIIS去算呢，抑或是两者都是可行的？

sobereva

Fencros7y 发表于 2022-5-30 10:11
感谢sob老师的回复。
如老师们建议的我用了PCM去算了一下乙腈和CF3SO3-的结合能，结果1个乙腈和1个CF3SO ...

光写个GDIIS奏效几率很有限，最好同时减小步长上限，最好再用上recalc
用之前优化过程能量最低的结构继续算

Fencros7y

sobereva 发表于 2022-5-30 10:22
光写个GDIIS奏效几率很有限，最好同时减小步长上限，最好再用上recalc
用之前优化过程能量最低的结构继 ...

感谢sob老师的建议。我是想按照您的建议一步步试验的，不过阴离子配位的这个体系加了GDIIS就奏效了。
接着我使用了# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj scrf=(solvent=acetonitrile)去计算乙腈和Zn2+的作用，发现不用加其它命令都能正常结束，但1个乙腈和1个Zn2+的体系没有虚频，6个乙腈和1个Zn2+的体系却出现了虚频。我看您博文里提到用SMD计算这种体系容易出现虚频，没想到直接用PCM也会有虚频，难道只能在真空中计算了吗

ionexchangeC

Fencros7y 发表于 2022-5-30 11:44
感谢sob老师的建议。我是想按照您的建议一步步试验的，不过阴离子配位的这个体系加了GDIIS就奏效了。
接 ...

先看一下Freq时输出的体系的maximum displacement值，如果比默认收敛限0.0018大得多，则尝试Opt=Tight或者Opt=calcall等博文里讲过的方法；如果在收敛限以内或相差不大，我推荐的方法是先在气相下优化结构并消除虚频，观察体系的对称性，然后按照合理的对称性在溶剂模型下优化。如还有虚频，尝试scrf=read并在文件末尾写surface=SAS

ionexchangeC

Fencros7y 发表于 2022-5-30 11:44
感谢sob老师的建议。我是想按照您的建议一步步试验的，不过阴离子配位的这个体系加了GDIIS就奏效了。
接 ...

还有就是不要用G09E.01（不包括）之前的版本配合BJ阻尼的D3校正，详见http://bbs.keinsci.com/thread-2410-1-1.html

Fencros7y

ionexchangeC 发表于 2022-5-30 13:50
还有就是不要用G09E.01（不包括）之前的版本配合BJ阻尼的D3校正，详见http://bbs.keinsci.com/thread-241 ...

感谢您的回复！我看了一下6个乙腈和1个Zn2+的maximum displacement，是0.183974，比您说的0.0018大了好多，目前我先把BJ去掉了，然后尝试用您提到的Opt=Tight和Opt=calcall试试。想请教一下Opt=Tight和Opt=calcall如果一起使用的话应该如何写呢？

ionexchangeC

Fencros7y 发表于 2022-5-30 15:05
感谢您的回复！我看了一下6个乙腈和1个Zn2+的maximum displacement，是0.183974，比您说的0.0018大了好多 ...

先试Opt=tight吧，后一个耗时太高