按照文献在gromacs自带的amber力场里面，添加离子参数与自带离子参数的对比问题

zict

Entropy.S.I 发表于 2022-5-29 19:33
1 kcal = 4.184 kJ，不是4.188

有与AMBER力场直接、完全兼容且专门优化的L-J 12-6参数，为何还去纠结用1 ...

请问有Au3+的参数吗？谢谢！

喵星大佬

游离的Au3+能在水里么

牧生

fhh2626 发表于 2022-12-11 10:40
说起来后面有人发现其实HFE,IOD,CN其实是可以兼得的...

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.1 ...

看了下Haiyang Zhang的论文，他们对1价，2价，3价的离子都给出了参数。但他们的论文中，对所有键进行了约束，这样得到的结果到底对吗？


且Haiyang Zhang和Merz的金属离子参数差距太大，到底我该信谁的

Entropy.S.I

牧生 发表于 2023-4-30 16:41
看了下Haiyang Zhang的论文，他们对1价，2价，3价的离子都给出了参数。但他们的论文中，对所有键进行了约 ...

体系里面只有水分子的H-O这一种共价键，而水分子已经用SETTLE约束了，没有其他的键了，不知道写这句是啥意思。

fhh2626

牧生 发表于 2023-4-30 16:41
看了下Haiyang Zhang的论文，他们对1价，2价，3价的离子都给出了参数。但他们的论文中，对所有键进行了约 ...

里面只有水的话应该没事

牧生

fhh2626 发表于 2023-5-1 10:53
里面只有水的话应该没事

我的意思是，merz和zhang的论文里面，相同离子，参数相差却那么大，我该怎么处理，如果模拟水溶液中的金属盐，我该信谁的。

fhh2626

牧生 发表于 2023-5-1 14:02
我的意思是，merz和zhang的论文里面，相同离子，参数相差却那么大，我该怎么处理，如果模拟水溶液中的金 ...

参数相差大很正常，不只有一组LJ参数会得到目标热力学值

如果你读了这几篇论文就明白他们是怎么选择自己那套参数的

姑妈鱼丝

您好 有三价铁离子的参数吗

姑妈鱼丝

想问问老师 在离子液体中（没有水）加金属离子也能用这个参数吗

牧生

姑妈鱼丝 发表于 2023-5-21 16:04
想问问老师 在离子液体中（没有水）加金属离子也能用这个参数吗

按理说，这些参数都是用水做溶剂情况下算出来的，只适用于水溶液，大概率不适用于非水溶剂的体系。

姑妈鱼丝

牧生 发表于 2023-5-22 06:52
按理说，这些参数都是用水做溶剂情况下算出来的，只适用于水溶液，大概率不适用于非水溶剂的体系。

谢谢老师的回复我再好好看看我得体系

姑妈鱼丝

牧生 发表于 2023-5-22 06:52
按理说，这些参数都是用水做溶剂情况下算出来的，只适用于水溶液，大概率不适用于非水溶剂的体系。

您好老师 问一个耽误您时间的问题 就是我介绍参数来源的时候 该怎么引用呢

wade9587

牧生 发表于 2022-12-27 12:34
计算方法在第四楼

请问有Zn2+的参数嘛？

shadowcrystal

牧生 发表于 2022-5-29 16:04
非常感谢。本懒虫去看了文献了，现在懂了。
比如文献中J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 2342-2354给 ...

嘶，文献貌似与配图不符，我搜出来是https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.0c01320，里面是三价和四价离子的参数。图里都是一价离子，应该是这篇Systematic Parameterization of Monovalent Ions Employing the Nonbonded Model | Journal of Chemical Theory and Computation (acs.org)

shadowcrystal

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