[GROMACS] 关于表面剩余浓度统计的实现的问题

qq1020935287

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发表于 Post on 2022-5-29 17:16:26 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 qq1020935287 于 2022-5-29 17:26 编辑

各位老师好，我想计算表面剩余浓度，在文献中是定义的密度对距离的积分，公式如图一所示，单位为mol/平方米，我现在统计了在Z轴方向的数密度，想通过在Origin上对数密度（把原子密度处理为分子密度后）对X轴积分，并根据面积加减得到图三所示的阴影部分的面积，这个结果处理单位后可以视为表面剩余浓度吗？图二为我的体系，即对红线数据求表面剩余

4b51c30d5876e37b1d85f42fd876d52.png (6.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

图一

2d9ed5d43d3b1101ba3d628171ad480.png (22.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

图二

f7fba977c152276d62bcff8ad905296.png (15.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

图三

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