请问想要用gromacs验证晶体结构是否稳定必须要老版本的gromacs吗？

UTM · 发表于 Post on 2022-5-31 19:52:11

我想将构造好的超晶胞在gromacs中跑动力学，验证它在常温常压下是否会保持规范的晶体结构不变。但是有两个问题：
①gormcas的盒子构造是否应该和超晶胞的大小相同？即盒子的abcαβγ都和构造的超晶胞相同并使晶体结构处于相同的位置？（但这样就会有一些分子的一部分跑到盒子外面）
②新版本的gromacs不支持no-pbc，这样在盒子外面的分子就会延伸到另外的盒子里，会很影响结果，所以是否必须在老版本的gromacs下用no-pbc跑？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-1 05:02:59

1 不需要盒子边长夹角这些参数正好等同于晶胞，但必须确保当前盒子经过平移复制后能得到实际体系

2 你跑晶体体系显然得考虑PBC，不可能当真空跑

UTM · 发表于 Post on 2022-6-1 09:40:46

sobereva 发表于 2022-6-1 05:02
1 不需要盒子边长夹角这些参数正好等同于晶胞，但必须确保当前盒子经过平移复制后能得到实际体系

2 你跑 ...

您的意思是盒子里面放一个实际晶体结构中的一个晶格里面的几个分子然后用pbc就行吗？这样分子伸到盒子之外不会对模拟产生影响吗？我的想法是手动构造一个n*n*n的超晶胞然后用no-pbc去跑看他的超晶胞结构会不会散开，这样可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-2 02:50:35

UTM 发表于 2022-6-1 09:40
您的意思是盒子里面放一个实际晶体结构中的一个晶格里面的几个分子然后用pbc就行吗？这样分子伸到盒子之 ...

放“一个晶格里面的几个分子”做什么？晶体结构你已知了，晶胞里该有什么就有什么，原子该在哪里就在哪里。模拟晶体不是像模拟液体体系那样分子初始位置随便放的。

搞明白PBC是什么，在盒子外的分子等价于还在当前盒子里

你不用PBC就等于从实际晶体中截取极小的一小块放在真空下模拟，没有任何意义

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